Особое внимание Маккарти уделял борьбе с проникновением агентов международного коммунизма в учебные заведения, поскольку обмануть фальшивыми лозунгами молодых людей, равно как и завлечь их в свои сети, играя на эмоциях сочувствия к бедным, международным коммунистам было гораздо проще. Он говорил: "Если мы допустим положение, при котором наша страна от Атлантики до Тихого океана окажется покрытой сетью преподавателей и профессоров, получающих указания из Москвы, от организации[150], которая ставит целью уничтожение нашего народа, то мировоззрение нашей молодёжи окажется извращённым и мы проиграем эту битву". Маккарти добавлял: "Множество раз я слышал жалобы от родителей по всей стране: мы отправляем наших сыновей и дочерей учиться в колледжи нормальными американцами, а они через четыре года возвращаются домой свихнувшимися радикалами. Образовательная система в нашей стране должна быть очищена от коммунистического влияния с помощью закона. Это могут сделать только сами родители".
В то время по аналогии со слушаниями в комитете Маккарти, проводились заседания различных комитетов и комиссий при законодательных собраниях штатов и городских советах. Давать показания в них приглашались преподаватели учебных заведений. В результате из школ и колледжей, по настоянию администрации или родителей, начали увольняться преподаватели, связанные с антигосударственными организациями или поддерживавшие антинациональные и подрывные идеи. Почти каждый день сообщалось об увольнениях учителей за отказы отвечать на вопросы об их связях с агентами международного коммунизма.
Либералы, за время правления демократов широко внедрившиеся в систему школьного и вузовского образования США, приходили в ярость. Они считали, что родители и администрация учебных заведений не имеют права "ограничивать их академическую свободу" ― то есть, их право внушать студентам свою идеологию. Сенатор Маккарти отмечал это: "Когда вы начнёте выявлять среди преподавателей коммунистов, вас будут проклинать и на вас будут клеветать. Вас будут обвинять в нарушении академических свобод. Но помните, что для этих людей академическая свобода означает их право заставлять вас нанимать их как преподавателей для ваших детей и преподавать вашим детям взгляды, которые вы не разделяете; она означает их право отрицать вашу свободу нанимать лояльных американских преподавателей для обучения ваших детей".
В ход пошла тяжёлая артиллерия. Джордж Кеннан заявил, что в стране ведётся "охота на ведьм". Альберт Эйнштейн призвал всех интеллектуалов отказываться отвечать на вопросы об их политических взглядах или связях в любом комитете Конгресса, даже если это повлечёт штраф или тюремное заключение. Маккарти отозвался так: "