И Ачесон, тоже выпускник Гарвардской школы права и тоже член фи-бэта-каппа, и Стеттиниус, относились к младшему коллеге в высшей степени благосклонно. Работа по подготовке к созданию ООН обеспечивала Хиссу расположение и президента Рузвельта, давнего поборника расширения участия США в международных делах.
С 21 августа по 7 октября 1944 года в Вашингтоне пошла международная конференция, посвящённая вопросам организации ООН, в которой приняли участие представители США, СССР, Англии, Китая. На ней обсуждались вопросы состава ООН, её функций, роли Совета безопасности и т. д. Председательствовал на конференции государственный секретарь США Стеттиниус, а её исполнительным секретарём был заместитель директора отдела специальных политических операций госдепартамента Элджер Хисс.
Следующим важным событием в политической карьере Хисса стало участие в Ялтинской конференции, проходившей с 4 по 11 февраля 1945 года. Согласно Стеттиниусу, президент Рузвельт лично выбрал Хисса одним из своих советников. В Ялте Хисс занимался вопросами, связанными с ООН и дальневосточными делами.
В марте 1945 года Хисс был назначен директором отдела специальных политических операций.
С 25 апреля по 26 июня 1945 года в Сан-Франциско прошла учредительная конференция по образованию Организации Объединённых Наций. Её генеральным секретарём был Элджер Хисс. Конференция приняла Хартию ООН, которую Хисс на специальном самолёте доставил для подписи новому президенту США Гарри Трумэну.
В июле 1945 года государственный секретарь США Э. Стеттиниус ушёл в отставку; его место занял Джеймс Бирнс. Перед уходом бывший госсекретарь направил благодарственные письма разным своим коллегам, среди которых был и Э. Хисс.
Однако в начале 1946 года блистательная карьера Элджера Хисса неожиданно для многих окружающих застопорилась. По госдепартаменту начали ходить странные слухи. Рэймонд Мэрфи, шеф отдела безопасности госдепа, несколько раз беседовал с Хиссом. Его посетили агенты ФБР. 11 марта 1946 года новый госсекретарь Бирнс вызвал Хисса и спросил: "м-р Хисс, Вы коммунист?" Трудно было предположить, что ответственный пост в правительстве США, да ещё во время холодной войны, может занимать коммунист. Хисс ответил: "нет". Тем не менее, в марте 1946 года имя Хисса было внесено в список лиц, которым закрыт доступ к конфиденциальной информации.
Агент влияния. Причиной этих и многих последовавших далее проблем Хисса стало отступничество ― выход из компартии и признательные показания перед ФБР ― его бывшего друга и единомышленника-коммуниста Чамберса.