Сам по себе метод вызывает множество вопросов. Он очень груб. При этих очень грубых манипуляциях с яйцеклеткой теряется часть цитоплазмы яйцеклетки, при удалении ядра яйцеклетки остается часть ее ДНК или наоборот засасывается в микропипетку и удаляется избыточная часть цитоплазмы яйцеклетки. Куски оставшейся ДНК могут захватываться в новые ядра, которые формируются во время деления, а точнее дробления, оплодотворенной яйцеклетки, которая после оплодотворения носит название зиготы. Это потом ведет к нарушениям в реализации программы развития. В яйцеклетке остается масса молекул информационной РНК от прошлого хозяина. В яйцеклетке остается белковая наследственность от предыдущего животного. Именно этим, по-видимому, объясняется очень малая воспроизводимость получения гибридов млекопитающих из соматических клеток.
Замечено, что получаемые клоны млекопитающих обычно имеют проблемы с плацентой и страдают артритами (300). Кроме того Долли быстрее состарилась и объяснения этому феномену пока нет. Возможно, что соматические клетки накопили массу мутаций (изменений в последовательности нуклеотидов ДНК), которые не изменили ни одного признака, но ускорили старение. Старение овечки Долли могло быть также вызвано мутациями (нарушениями последовательности нуклеотидов в ДНК клетки, ядро которой использовали в экспериментах), которые не нарушали состав белковых молекул, но нарушали функцию молекул так называемых матричных или информационных РНК, на основе которых синтезируется собственно белок. Как видим, несмотря на казалось бы полную идентичность генетического материла у клонов все же имеются отличия от оригинала. Значит, только генами все объяснить нельзя, что снова говорит о том, что Лысенко был прав.
Итак, обособленного генетического вещества нет — ДНК не изолирована от клеточного метаболизма. Самое интересное, что до 1948 года мифическое наследственное вещество так и не было идентифицировано. По крайней мере, согласия (консенсуса) среди ученых в этом вопросе не было. До 1944 года именно белки считались субстратом наследственности (164, 226). Даже открытие ДНК не изменило ситуации, так как ДНК не вовлечена в синтез белка. Американские генетики в течение 8 лет не проявляли интереса к сделанному в 1944 году открытию роли ДНК в передаче генетической информации. Лишь к 1953 году, после создания теории, ставшей стержнем молекулярной биологии, выявилось значение этого открытия. Однако даже в 1960 году в Оксфорде вышла монография, в которой утверждалось, что ген имеет белковую природу (345). Сама ДНК и ее компоненты метаболизируются клетками, имеются даже болезни (подагра), связанные с нарушениями метаболизма ДНК. ДНК не единственное вещество, способное передавать наследственную информацию — имеет место наследование через РНК в яйцеклетке и при вегетативной гибридизации.