В первые годы образования флота священники не особо горели желанием покидать свои приходы и идти служить в Кронштадт на суда. По этой причине церковные иерархи начали заполнять должности судовых священников теми, кого просто некуда было больше деть, из-за их нравственно-моральных качеств. Толку от таких батюшек на кораблях и судах было не много, и вскоре флотские начальники возопили о том, что лучше плавать вообще без представителей церкви, чем с такими. Должные выводы были сделаны. Корабельные священники стали получать повышенные оклады, после нескольких лет плавания на судах им давали в служение хорошие и богатые приходы. Ситуация сразу улучшилась. Помимо этого стала практиковаться посылка на суда монахов, которые, не имя семей на берегу, могли быстрее и лучше адаптироваться к непривычным условиям.
Помимо своих основных обязанностей корабельные батюшки занимались, говоря современным языком, идеологической обработкой личного состава, целью которой было привлечение к лону церкви всех отлынивающих от посещения церкви и особенно инакомыслящих. Вот, к примеру, приказ контр-адмирала Барша по Кронштадтской эскадре от 20 июня 1745 года: «Понеже от кораблей и фрегатов рапортами объявлено, что на оных имеется служителей, не знающих молитв Божиих, компасу и снастям не малое число, и того ради господам командующим оных незнающих расписать по офицерам и унтер-офицерам и велеть обучать молитвы Божие, яко Отче наш, Богородица дева радуйся и прочие, тоже компасу и снастям и велеть показывать каждому именно что какой веревкой и прочим действие какое происходит…»
Морской устав предписывал судовым священникам вести и серьезную агитационную работу по приобщению некрещеных матросов к православной вере: «Имеющихся на кораблях басурманов, яко татар, мордву, чуваш и черемис приказать иеромонахам увещевать по правилам и в соединение в православную греческого исповедания веру скланивать всякими удобными мерами, дабы от того басурманства были отлучены и соединены к восточной кафолической церкви».
Из воспоминаний художника-мариниста А. П. Боголюбова о службе в Кронштадте: «Как и всегда, на корабль назначались в плавание монахи. Конечно, настоятели посылали на флот народ негожий, пьющий, почти что для наказания. Но дело оказывалось иначе. Флот наш тогда весь бойко пил, а потому ссыльные попадали в некотором роде в вертоград винный и пили горькую в кают-компании не хуже монастырской. Был на «Прохоре» иеромонах из валаамского скита Алексей — человек Божий, мой тезка. Я ему понравился, хотя делал с ним разные гадости, то есть пускал в бороду связанных за ножки ниткой двух больших мух, которых он, желая освободиться, давил на своей власянице. Наливал иногда в клобук; воды на донышко, так что, вдруг, набросив себе его на голову, он невольно обольется, а притом другой резвый офицер или гардемарин крикнет: «Батюшка, капитан зовет!», затем раздается общий хохот. Но зато я ему разрисовал псалтырь водяными красками и очень старательно, и мы всегда жили ладно. По воскресеньям адмирал И. Епанчин приглашал к себе второго капитана, доктора и двух-трех офицеров обедать, а попа постоянно, над которым тоже любил трунить и подпаивал его. Как видно, тоже для шутки, был сладким блюдом подан пылающий ромом пудинг с серебряной ложкой. «Батюшке, батюшке первому!» — заорал Епанчин. Батюшке поднесли блюдо. Взялся он за ложку — горяча, другой рукой — тоже не берет, стал дуть сильнее, выдул спиртуозную влагу себе на бороду, она загорелась. Затушив рукой пожар, он благословил блюдо крестным знамением, сказав вполголоса: «А ну тебя… к… матери». Адмирал чуть не умер от смеха и удовольствия и накатал батюшку до положения риз».