Той же осенью к устью Невы прибыло первое голландское торговое судно, на следующий год — английское. Вслед за ними в Петербург стали прибывать десятки иностранных торговых судов под флагами многих европейских государств. Город в устье реки Невы становился главным портом России.
Зимой 1703–1704 годов на Котлине был расположен гарнизон, начата постройка береговых укреплений. На одной из отмелей, к югу от острова, была сооружена трехъярусная деревянная башня, на которой установили 14 орудий. На самом Котлине поставили береговую батарею. С этого, собственно, и начался будущий Кронштадт.
Построенные укрепления предназначались для обстрела фарватера, ведущего к Петербургу. 7 мая 1704 года состоялось торжество в честь закладки нового русского форта на Балтике, названного Кроншлотом. В переводе с голландского Кроншлот — это «коронный замок». Этот день и считается датой основания будущего Кронштадта. Расположение Кроншлота оказалось настолько удачным, что за всю его историю (и Кронштадта впоследствии) мимо него не прошел ни один вражеский корабль.
О значимости, которую придавал Кроншлоту Петр I говорит фраза из его инструкции коменданту; «Содержать сию цитадель с божиего помощью аще случится, хотя до последнего человека…»
Летом 1704 года шведы предприняли попытки отбросить наши войска от Финского залива. Эскадра шведского адмирала Депра пыталась высадить десант на Котлине, но он был отбит, а последовавшая двухдневная бомбардировка острова также не принесла никаких результатов. Столь же безуспешными оказались и усилия противника захватить Котлин зимой 1704 года.
Тем временем на Сяси, Ладоге и Свири кипела работа по постройке боевых кораблей. Осенью 1704 года первые корабли Балтийского флота стали прибывать по Неве в Петербург. 18 октября к Петропавловской крепости подошел первый отряд построенных кораблей.
К маю следующего года в состав Балтийского флота уже входили 24-пушечные фрегаты: «Штандарт», «Нарва», «Петербург», «Кроншлот», «Шлиссельбург», «Триумф», «Михаил Архангел» и «Дефам», 12-пушечные суда: «Копорье», «Мункер», «Дегас», «Яким» и нескольких галер — всего около 20 вымпелов. Возглавил флот вице-адмирал Крюйс.
Линейных кораблей в составе молодого флота еще не было, но они вот-вот должны были появиться.
В мае 1705 года русские корабли впервые вышли из Петербурга в Финский залив и заняли позицию у Кроншлота Утром 4 июня на горизонте показались 22 корабля шведского адмирала Анкерштерна Невдалеке от Котлина шведская эскадра встала на якорь. На следующий день после непродолжительного обстрела побережья со шведских кораблей началась высадка десанта Как только десантные шлюпки приблизились к берегу, открыла огонь береговая артиллерия, затем в штыки ударили наши солдаты. Шведский десант был сброшен в воду. «Бежали на свои суда с великим страхом и, будучи в такой конфузии, при страхе суда свои опрокинули, отчего многое число неприятелей потонуло», — гласит хроника.