История Кёнигсберга начинается не с легенды о его возникновении, а с грамоты. Тевтонский рыцарский орден по поручению императора и папы Римского, этих столпов христианского мира, и с согласия польского герцога Мазовецкого приступил в 1231 году к захвату земель языческих пруссов и обращению последних в христианство. Рыцари, двигаясь из Торна вниз по течению Вислы и Ногата, заложили в 1237 году Эльбинг, в 1239 году Балгу и в 1241 году Браунсберг и приблизились к нижнему течению Прегеля. И тогда в 1242 году магистрат города Любека обратился к членам Ордена, как раз в это время пребывавшим в городе, с идеей основания в устье Прегеля «дочернего» свободного города наподобие Риги. В своём письме, отправленном 31 декабря 1242 года из Торна в Любек, ландмейстер Генрих фон Вида одобрил этот план. Частности хотели согласовать следующей весной. Гохмейстер находился в то время в далёкой Акке, и ландмейстеру были развязаны руки. Он не мог не радоваться любой поддержке в предстоящем захвате Самландии, этого густонаселённого прусского края. Однако цена была высокой. Новый город должен был быть основан не Орденом, а Любеком, наделён богатыми землями и правами самоуправления, стать форпостом любекского влияния на Балтике.
Однако, прежде, чем плану смогли последовать дела, вспыхнуло восстание пруссов. Мысль о покорении Самландии необходимо было временно оставить. Когда в марте 1246 года двое посланцев Любека прибыли в Пруссию, то ландмейстер Поппо фон Остерна отошел от обещаний своего предшественника. Епископ Хайденрайх Кульмский, будучи председателем третейского суда, вынес 10 марта 1246 года решение, послужившее фундаментом для намеченного основания города в устье Прегеля. Его предполагалось построить с помощью любекцев, но основателем должен был считаться Орден, и управляться он должен был на основе действовавшего в то время на территории Ордена «Кульмского права»>{1}, а не на основе законодательств Риги или Любека. Орден должен был построить в выбранном им месте крепость и стать таким образом хозяином города в военном и политическом плане. Посланцы Любека пошли на эти условия.
После союза с Любеком Ордену пришлось вести спор с церковью, точнее, с бывшим настоятелем Бременского собора Альбертом Зуэрбеером из Кёльна, только что ставшим архиепископом Пруссии, Ливонии и Эстляндии. Вначале его резиденция находилась по-прежнему в Любеке, но он стремился укорениться в Пруссии, возможно, как раз в городе у устья Прегеля. Там уже существовало «castrum Pregore», Прегорское укреплённое поселение, в котором жили принявшие христианство пруссы. Вероятно, они были обращены в христианство и крещены ещё епископом Кристианом, когда тот находился у них в плену. После смерти Кристиана Альберт добился у папы грамоты, открывшей ему путь в это укреплённое поселение и во все вотчины Кристиана. Ордену, однако, удалось не допустить Альберта в Пруссию. В 1251 году центром архиепископства избрали Ригу. Спустя два года Альберт отправился в Ригу и в 1255 году был утверждён там папой в сане. В этом же году приступили к строительству крепости Кёнигсберг.