Пифагор был посвящен во все тайные культы и учения своего времени: египетские, вавилонские, халдейские и зороастризм. Слово «философ» было введено в обиход именно Пифагором; до него умные называли себя мудрецами, что означало: человек, который знает, а Философ — человек, который пытается найти, выяснить…. Говорят, что его ученики никогда не произносили его имени, а использовали слова Мастер или Этот Человек. Это происходило, возможно, потому, что, по преданию, имя Пифагора состояло из специальным образом упорядоченных букв и имело огромное священное значение. Журнал «WORLD» пишет, что Пифагор посвящал своих учеников-кандидатов посредством определенной формулы, скрытой в буквах его имени.
Пифагор описывал Бога как Верховный Ум, рассредоточенный повсюду, как Разум всех вещей, как причину всего; тело же Бога состоит, по его мнению, из световой энергии.
Один из методов его лечения заключался в чтении стихов «Илиады» и «Одиссеи» Гомера.
Когда власть в Самосе захватил тиран Поликрат, Пифагор бежал в Южную Италию, где были греческие общины. Там, в Кротоне, он создает союз единомышленников, который был одновременно и политической партией, и религиозно-мистической сектой, и научно-философской школой. Для того, чтобы вступить в это сообщество, ученики должны были выдержать пятилетний срок молчания и поклясться тетракидой (четверицей), которую считали священным числом справедливости.
Пифагор со своей школой и философией вскоре стал опасен для властей, он слишком много знал, и против него возник заговор: Однажды, когда он уехал в Делос, его дом в Кротоне был сожжен и разгромлен. Все материалы либо были сожжены, либо были разграблены и надежно спрятаны. Сам Пифагор, по одной версии, погиб в этом доме, по другой версии, спасся, но вскоре умер от разрыва сердца, скорбя о тщетности своих усилий.
Пифагор сделал много открытий, но уделял основное внимание науке о числах, геометрии и акустике (звукам).
Когда Пифагор нашел, что в прямоугольном треугольнике квадрат гипотенузы равен сумме квадратов катетов, восторгу его не было конца. Он принес в жертву Богу гекатомбу (100) быков. Но ужас охватил Пифагора, когда он постиг иррациональность чисел и увидел бездну, сокрытую в √2.
Филон Александрийский, философ, ученый, живший на рубеже эр (20–40 г.н. э.), был убежден, что пифагорейская наука о числах вся заимствована из Пятикнижия Моисея. Более того, Филон применяет учение пифагорейцев для толкования Библии, для проникновения в ее тайную логическую и числовую структуру.[23]
Свое учение Пифагор делил на тайное и явное, все его ученики делились на акусматиков и математиков («экэотериков», знающих внешнее, и «эзотериков», знающих внутреннее, сущностное).