Эту же особенность русского письма — необозначение чередования звуков под влиянием позиции — другая отечественная школа — Ленинградская фонологическая школа (Л. В. Щерба, А. Н. Гвоздев, Л. Р. Зиндер, В. Ф. Иванова, Б. И. Осипов), обобщающая звуки в фонемы по принципу их акустико-физиологической близости, описывает в терминах морфологического принципа (поскольку русское письмо обеспечивает единообразную передачу морфем). Однако трактовка главного принципа как предписывающего единообразную передачу морфем не дает ответа на вопрос, как достигается это единообразие. Кроме того, при таком описании неизбежно указание на пределы действия морфологического принципа — на отступления от единообразной передачи морфем в случае морфонологических чередований, тогда как определение фонематического принципа как такого, при котором буквами передаются фонемы, самодостаточно и не требует никаких ограничений. «Именно фонологическая теория Московской школы дала возможность объяснить устройство современной русской орфографии более точно и компактно, чем это могли сделать ученые, вынужденные (до появления фонологии) оперировать только понятиями фонетического и морфологического принципов» [Булатова 1969: 65]. Фонематический принцип дает прямой ответ на вопрос, который в теории письма является главным, каким незнаковым единицам русского языка соответствуют буквы. Эти единицы — фонемы.
Позднее было доказано, что фонографическое, или звукобуквенное, письмо, каким является русское, может быть построено только на одном из двух принципов: либо на фонематическом, либо на фонетическом. В статье И. С. Ильинской и В. Н. Сидорова, написанной во время широкого обсуждения проектов свода правил русского правописания, было показано, что «письмо, строящееся на соотношении с современным ему устным языком, может соотноситься или с фонемами языка, или со звуками речи. Иного типа соотношений со звуковой системой практически быть не может. ⟨…⟩ Написания, оказавшиеся вне таких соотношений, образуют тот остаток, который как несоотнесенный с современной системой языка может получить только историческое истолкование» [Ильинская, Сидоров 1952: 12].
3. Сильным стимулом для теоретического осмысления русской орфографии послужила работа Орфографической комиссии 1963—1964 гг., под предложения которой была подведена основательная теоретическая и экспериментальная база. Было выпущено несколько сборников с научной разработкой трудных вопросов правописания [Вопросы 1964; Проблемы 1964; О современной русской орфографии 1964]. Особое значение имеет выход в свет уникальной книги «Обзор предложений по усовершенствованию русской орфографии (XVIII—XX вв.)», написанной под руководством и при участии М. В. Панова [Обзор 1965]. Книга представляет собой полный свод предложений по усовершенствованию русского письма, которые были высказаны за два с половиной века, она снабжена научно аргументированными доводами за и против каждого из высказанных предложений и большой библиографией. Эта книга служит фундаментом дальнейшей кодификаторской деятельности в области орфографии.