В 1958 году из-за "левоуклонистских" ошибок КПК Его Святейшество Фоюань был несправедливо осуждён. Через три года его выпустили из тюрьмы. С 1961 года он проходил "трудовое перевоспитание" в монастыре Наньхуасы. В годы культурной революции в этом монастыре оставался только один монах - Его Святейшество Фоюань. В годы культурной революции хунвэйбины пытались сжечь и осквернить нетленные тела 6 Патриарха, патриархов Ханьшань Дэцина и Даньтяня. Фоюань, рискуя своей жизнью, собрал их тела и спрятал их, закопав под деревом на горе позади монастыря.
В 1979 году Учитель Фоюань был реабилитирован. В этом же году он отправляется в Пекин для доклада о состоянии тела Шестого Патриарха. Ассоциация буддизма назначила его отвечающим за реликвии монастыря Фаюаньсы Пекина, а также наставником винаи академии буддизма при этом монастыре. Председатель буддийской ассоциации Китая Чжао Пучу был очень озабочен состоянием нетленного тела Шестого Патриарха, считая, что это не только драгоценность буддизма, но и драгоценная историческая реликвия Китая. Было принято решение о сохранении и охране этой драгоценной реликвии. Учитель Фоюань был отправлен обратно в монастырь Наньхуасы для проведения необходимой работы по сохранению и восстановлению нетленного
тела Шестого Патриарха.
В 1982 году монастырь Юньмэньсы был причислен решением Центрального правительства к главным монастырям Китая, охраняемым государством. Верующие один за другим стали упрашивать Его Святейшество Фоюаня вернуться в монастырь Юньмэньсы. И вот 19 числа 6 лунного месяца в день рождения Бодхисаттвы Гуаньинь он возвращается в сопровождении верующих в монастырь. Местное правительство уезда Жуюань оказало ему очень тёплый приём. Ему официально была передана просьба о поселении на постоянное жительство в монастыре Юньмэньсы и руководству работами по восстановлению монастыря. Учитель Фоюань невзирая на постоянную боль тройничного лицевого нерва, повреждённого от побоев во время культурной революции, согласился вернуться в монастырь Юньмэньсы. Началась кропотливая работа по восстановлению разрушенного монастыря. В 1982 году осенью учитель Фоюань был приглашён на гору Юньцзюйшань для освещения ступы с рингсел (нетленными останками в виде шариков после сжигания тела) Его Святейшества Сюйюня. Учитель Фоюань наследует и развивает нравственный и духовный стиль Его Святейшества Сюйюня. Его самоотверженный, бесстрашный дух и усилия по восстановлению монастыря Юньмэньсы тронули сердца многих учеников как в Китае, так и за рубежом. Ученики один за другим приезжают к нему, чтобы оказать помощь и охранять Дхарму.