В 1984 году правительство города Шаогуань и правительство уезда Жуюань выделили 400 тысяч юаней на восстановление храма Будды Шакьямуни и храма императора небес. Учитель Фоюань взял на себя обязанности главного руководителя строительства. Строительство велось круглосуточно. Когда учитель Фоюань вернулся в монастырь Юньмэньсы, там оставалось всего три монаха. В 1986 году монастырь был уже отстроен заново. В нём насчитывалось уже более 100 монахов, не включая буддистов-мирян, работающих по хозяйству в монастыре. Были построены: зал медитаций, колокольня, барабанная, пруды для разведения рыб и черепах, зал патриарха Вэньяня, библиотека, институт буддизма, дорога на гору до водопада Гуйхуатань, дом памяти патриарха Сюйюня, ступа с рингсел Сюйюня.
В 1986 году председатель буддийской ассоциации Китая Чжао Пучу лично приехал посмотреть как восстанавливается монастырь и дал очень высокую оценку усилиям учителя Фоюаня. Учитель Фоюань уделяет большое внимание воспитанию молодых кадров священнослужителей. Поэтому уже к 2003 году был отстроен большой комплекс института буддизма с библиотекой, большим залом медитаций, компьютерным классом. В зале медитаций ежедневно проводится 6 медитативных часовых сессий. В зимний период проводится 5 усиленных недельных медитативных сессий.
В 1990 году скончался настоятель монастыря Наньхуасы Цаоси хэшан Вэйинь. Верующие приглашают учителя Фоюаня занять пост настоятеля монастыря 6 Патриарха. С 1992 года учитель Фоюань являлся настоятелем монастырей Наньхуасы и Юньмэньсы. Под его руководством монастырь Наньхуасы преобразился уже за несколько лет. Его Святейшество Фоюань явился инициатором проведения в 1996 году в монастыре Наньхуасы международного буддийского форума под названием "Мир - один цветок", на который прибыли буддисты из Южной Кореи, США, Европы, Японии, Малайзии, Сингапура и других стран. В 1999 году учитель Фоюань уходит с поста настоятеля монастыря Наньхуасы, чтобы отдать все силы на монастырь Юньмэньсы. Хотя Его Святейшество Фоюань является патриархом школы Чань, но он не имеет сектантских воззрений. Он назначил учителя Тантры из Гонконга досточтимого Юань Цзюна одним из заместителей настоятеля монастыря Юньмэньсы. Он часто просит его давать лекции и наставления в монастыре Юньмэньсы. Когда в монастыре проводятся монашеские посвящения, Его Святейшество Фоюань всегда приглашает досточтимого Юань Цзюна принять участие в качестве одного из Учителей, дающих монашеские обеты посвящающимся.
За эти годы учителя Фоюаня приглашали в разные монастыри Китая для дачи посвящений и лекций, а также в США, Гонконг, Корею, Японию и другие страны. В 2003 году было отпраздновано 50-летие со дня интронизации на посту настоятеля монастыря Юньмэньсы Его Святейшества Фоюаня. В этом же году Учитель Фоюань сложил с себя обязанности настоятеля и ушёл на покой. Он также сложил с себя должность председателя местной буддийской ассоциации города Шаогуань. Но у него оставался почётный пост заместителя председателя консультативного совета Буддийской ассоциации КНР, куда избирались буддийские старцы. В Китае очень почитают старших. Учитель Фоюань по старшинству был 2-ой в буддийской ассоциации Китая. Учитель Фоюань пользовался огромным авторитетом не только среди верующих, но и в местном правительстве. К нему обращались за советом многие влиятельные люди. Но главное детище Учителя - это монахи и монахини, постоянно живущие в монастыре. Он им как добрая мать и строгий отец.