Слѣдовательно, греческая притѣсняемая іерархія, лишаемая школъ, правъ и имущества, должна была ежечасно отражать то турецкія, то латинскія коварства, чтобы существовать и охранять въ чистотѣ свою вѣру. Чудо Божіе, что изъ многовѣкового плѣна греческое Православіе вышло цѣлымъ.
Однако, отдѣленной отъ Византіи русской митрополіи становилось все труднѣе прибѣгать къ греческой каѳедрѣ, что мѣшало правильному рѣшенію многихъ сложныхъ вопросовъ, часто требующихъ изученія мѣстныхъ внутри-русскихъ условій. То, что въ западныхъ государствахъ не представляло бы ни малѣйшаго затрудненія, по примѣру папъ Николая І-го и Гильдебранда: отдѣленіе отъ патріархіи на Руси столѣтіями казалось немыслимымъ. Многовѣковая связь Кіева, затѣмъ Москвы съ Царьградскимъ престоломъ, рядъ мудрыхъ и святыхъ греческихъ митрополитовъ, воспитавшихъ русское благочестіе, органически связали Русь съ Византіей. Мы видѣли, что даже заключеніе греками Флоренской уніи, измѣна Исидора, неслыханное дѣло обращенія самого императора въ ересь, не смогли поколебать Василія Темнаго въ его преданности древней каѳедрѣ. Даже турецкое иго не прервало зависимости русскихъ митрополитовъ отъ Греческой Церкви.
Все это объясняетъ съ какой осторожностью и осмотрительностью царь Ѳеодоръ Ивановичъ (1584–1598) и шуринъ его — Борисъ Годуновъ — приступили къ вопросу учрежденія патріаршества въ единственномъ свободномъ отъ ислама Русскомъ царствѣ.
Усилившіяся въ Польско-Литовскомъ государствѣ гоненія на Православіе, коварные происки іезуитовъ, ихъ сочиненія расхваливающія мощь и независимость римскихъ первосвященниковъ, были хорошо извѣстны въ Москвѣ и немало кручинили благочестиваго наслѣдника Грознаго, кроткаго царя Ѳеодора. Въ Москвѣ, между прочимъ, аргументами въ пользу патріаршества, указывали на то, что глаза православныхъ въ Литвѣ могли бы обратиться на патріарха Всероссійскаго, какъ на обще-русскаго архипастыря.
Лѣтомъ 1586 года въ Москву пріѣхалъ Антіохійскій патріархъ Іоакимъ ѴІ-й (1586–1587). Пользуясь этимъ, царь поднялъ вопросъ объ учрежденіи патріаршества во время засѣданія въ Боярской Думѣ и сказалъ нижеслѣдующее: «По волѣ Божіей, въ наказанье наше Восточные патріархи и прочіе святители только имя святителей носятъ, власти же едва-ли не всякой лишены; наша же страна, благодатью Божіей, во многорасширеніе приходитъ и потому я хочу, если Богу угодно и Писаніе Божественное не запрещаетъ, устроить въ Москвѣ превысочайшій престолъ патріаршескій». Духовенство и бояре выразили свое одобреніе, прибавивъ, что слѣдовало бы испросить согласіе всей Восточной Церкви, «да не скажутъ пишущіе на святую нашу вѣру латиняне и прочіе еретики, что въ Москвѣ патріаршій престолъ устроился одной царской властью».