Ничем внешне не отличавшаяся от других жителей России, вместе со всеми страдавшая и переживавшая годы революций и гражданской войны, годы борьбы с церковью, а также борьбы против самих же себя и своих сограждан, Матушка незаметно для окружающих совершала духовные подвиги. Одному Господу Богу известны тайники ее души, ее молитвы и слезы, ее просьбы и тяготы. Она не открывала их никому. Но то, что было видимо, не могло укрыться постороннему взгляду.
В таких испытаниях прошла юность Матушки. Но эти испытания не сломили ее, не ожесточили, а наоборот сделали еще более чуткой. Она со всеми готова была поделиться, она знала, что такое труд, она понимала силу молитвы, цену доброго слова, доброго дела, даже малой милостыни. Она пошла по пути духовного делания, где победить нужно не врага видимого, но невидимого, где идет война против своих же страстей, победив которые обретается свобода не земная, а свобода от греха. В результате чего матушка Алипия стяжала великую благодать Святаго Духа.
Повсюду видевшая страдание, разорение, людские трагедии, матушка Алипия возымела, прежде всего, великую любовь к людям. Этот дар – это основной дар, который даровал ей Господь наряду с другими дарами духовными. Этот дар понуждал ее жертвовать собой для спасения ближнего. Но чем она могла пожертвовать, чтобы хоть как-то облегчить участь страдающего или нуждающегося? И она отдавала свою душу в подвиг молитвы за ближнего. На этом пути она не боялась ни искушений, ни труда, ни слез, ни мести врага рода человеческого.
Годы гражданской войны прошли, после небольшого зыбкого мира началась война духовная – против Церкви и Бога. Война «воинствующего безбожия». По всей стране покатились волны репрессий духовенства и верующих мирян. В рядах воинов Христовых, до смерти стоявших за веру во Христа, была также и матушка Алипия. Место заключения ее неизвестно. Суд тогда был скорый, и уже само имя христианина означало, что приговор заранее известен – смерть. Ожидание ее было самым тягостным испытанием тюремного заключения наряду с допросами и издевательствами.
В тюрьме Агафия трудилась вместе со всеми, известно также, что матушка Алипия направляла из тюремного заключения письма-воззвания: призывала стоять за веру православную и любить Бога. Сколько лет она провела в заключении – неизвестно. Мы имеем свидетельства потомков очевидцев, посещавших ее в тюрьме. В данное время они проживают в Австралии. Уже тогда, в столь раннем возрасте, матушка Алипия обладала даром прозорливости и действенной молитвы. Но для себя она ничего не просила.