В это время матушку уже начинали почитать как подвижницу и молитвенницу.
По воспоминаниям современников, она хотя и была похожа на странниц послевоенного времени, но в то же время очень отличалась от них своей аккуратностью, собранностью, сосредоточенностью и доброжелательностью. Ее часто обижали и не понимали, но сама она не обижалась ни на кого. Тех людей, кто встречал матушку в те годы, особенно поражал ее взгляд: глубокий, чистый, ласковый, любящий. По нему трудно было определить, сколько старице лет: иногда она казалась подростком, а иногда – пожилой женщиной, особенно после зимних безсонных ночей, проведенных в дупле.
Подвиг столпничества матушка совершала в течение трех лет, до 1954 года, когда отошел ко Господу отец Кронид. После него она окормлялась у старца схимонаха Дамиана. Ночевала в братском корпусе под лестницей, а если было очень холодно, духовный отец благословлял ей ночевать под дверью старца Андрея, где было теплее. Это было неслучайно: двери келлии отца Андрея, в полном смысле, никогда не закрывались, у него всегда было множество посетителей. Старец исцелял больных, помогал нищим, кормил голодных Лаврской трапезой, отчитывал бесноватых. Вся жизнь отца Андрея проходила на людях. К его порогу и послал схимонах Дамиан осиротевшее чадо отца Кронида. Последние годы жизни старицы Алипии тоже пройдут на людях, и дверь ее домика-келлии будет открыта тоже для всех.
В Киево-Печерской Лавре матушка в трудах и подвигах провела около 15 лет. Послушная всегда воле Божией, старица никогда не самочинничала и всегда на все испрашивала благословения Божия и извещения о Его святой воле через своих духовных наставников.
В 1961 году власти снова закрыли святую обитель, под предлогом ремонта. Насельникам Лавры пришлось надолго ее покинуть. Их участь разделила и блаженная старица.
Закрытие Киево-Печерской Лавры матушка перенесла тяжело. Всегда незаметная и тихая, она в эти дни привлекла внимание к себе тем, что падала на улице на колени, обливаясь слезами и воздевая руки к небу, и что-то кричала на мордовском языке.
Вновь началась ее многострадальная скитальческая жизнь. Как ни тяжелы были годы, проведенные матушкой в Киево-Печерской Лавре, но они проходили в святой обители, на одном месте. А теперь – снова по миру, без документов, без прописки, без денег, без вещей. Если в сталинское время это грозило тюремным заключением, то в 1960-е годы чаще всего – психиатрической больницей, куда власти отправляли верующих «для лечения».
Однако годы тяжких испытаний настолько укрепили дух блаженной, ее веру и преданность воле Божией, что она безропотно приняла все как от руки Господа. Матушка никогда не искала помощи и покровительства у людей, она искала помощи и защиты только у Бога. Ее вера и дерзновение были так сильны, что те, кто слышал, с какой детской простотой она обращалась к Богу «Отец!», и видел, как мгновенно исполняются ее молитвы, не сомневались, что для нее Он прежде всего Отец – близкий, любящий, заботливый.