1889. Французские медики прислали в дар Московскому университету большую вазу из севрского фарфора за достигнутые успехи в области медицинских наук. Писатель, воспитанник университета
А. П. Чехов избран действительным членом Общества любителей Российской словесности при университете.
1890. Начало педагогической и научной деятельности (В качестве приват-доцента В. И. Вернадского. С 1898 года он становится профессором минералогии и кристаллографии.
В этом доме (Б. Овчинниковский пер., 17-1) в 1894 году был В. И. Ленин на заседании марксистского кружка, которым руководил студент А. Н. Винокуров.
1891. На медицинском факультете микробиолог доцент Г. Н. Габричевский начинает впервые в России читать лекции по бактериологии — и создает при университете бактериологическую лабораторию.
Химик В. Ф. Лугинин организует в университете впервые (на свои средства) Термохимическую лабораторию, в которой им и его учениками были разработаны оригинальные методы термохимических измерений.
Профессор гигиены Ф. Ф. Эрисман при Гигиеническом институте университета основал Московскую городскую санитарную лабораторию, первую в мире (ныне Научно-исследовательский институт имени Ф. Ф. Эрисмана).
1892. Открытие в Москве первой Географической выставки, организованной по инициативе профессора университета Д. Н. Анучина. На ее основе в университете был создан Географический музей.
1893. Сотрудник кафедры агрономической химии А. Н. Сэбанин публикует — свои биохимические исследования о зависимости состава зерна от климатических и почвенных условий.
Создание в Московском университете первой в Москве марксистской организации для пропаганды и агитации среди рабочих. Руководитель — студент медицинского факультета А. Н. Винокуров.
1894. 2-11 января проходил IX съезд русских естествоиспытателей и врачей в Москве, организованный Московским университетом. На заседаниях подсекции статистики в Актовом зале университета присутствовал В. И. Ленин.
На квартире студента А. Н. Винокурова в Б. Овчинниковском переулке, 17/1, происходила встреча В. И. Ленина с членами марксистской группы. Профессор педиатрии Н. Ф. Филатов впервые в России в университетской клинике детских болезней применил противодифтеритную сыворотку.
1895. Открытие, при университете — Бактериологического института, возглавляемого микробиологом доцентом Г. Н. Габричевским. Приват-доцент университета, физик П. Н. Лебедев доказывает тождественность электромагнитных и световых волн. Профессор химии Н. Д. Зелинский в университетской лаборатории получает первый синтетический нафтен. По инициативе профессора и директора астрономической обсерватории В. К. Цераского начато систематическое фотографирование звездного неба с целью обнаружения и исследования переменных звезд.