Аэродинамическая труба, построенная Н. Е. Жуковским в вестибюле аудиторного корпуса.
1897. Торжественное открытие памятника воспитаннику Московского университета хирургу Н. И. Пирогову в университетском Клиническом городке на Девичьем поле.
1898. Организовано Педагогическое общество при Московском университете. В 1904 году оно явилось центром большевистской пропаганды и агитации.
Начало систематического исследования Курской магнитной аномалии профессором физики Московского университета Э. Е. Лейстом.
1900. Образование при университете Русского библиографического общества. На медицинском факультете открыты клинические курсы для врачей по 5 отделениям.
Профессор химии Н. Д. Зелинский разработал метод ароматизации нефти (способ переработки нефти с целью получения так называемых ароматических углеводородов: бензола, нафталина, толуола).
Писатель А. М. Горький избран действительным членом Общества любителей Российской словесности при университете.
1901. Золотая медаль имени Нобеля, присужденная профессору химии Московского университете В. В. Марковникову за заслуги в развитии нефтяной промышленности, по решению Комитета I Международного нефтяного конгресса естествоиспытателей в Париже. Медаль вручена была ученому на заседании Совета университета.
Начало работ минералогического кружка профессора В. И. Вернадского и коллоквиума по физике профессора П. Н. Лебедева, положивших начало созданию научных школ этих ученых.
Открытие при университете Института и Музея сравнительной анатомии. Директором назначен организатор профессор М. А. Мензбир. Открытие нового здания университетской библиотеки на Моховой улице (ныне проспект Маркса, 20).
1901–1909. Профессор физики П. Н. Лебедев обнаружил и исследовал давление света на твердые тела и газы.
1902. Открытие нового здания университетского Зоологического музея (ул. Герцена, 6). Под руководством профессора Н. Е. Жуковского при кабинете механики университета была сооружена одна из первых в Европе аэродинамическая труба и разработана методика аэродинамических исследований.
«Исполнительный комитет объединенных землячеств и организаций университета» опубликовал в «Искре» «Письмо к рабочим» с призывом к рабочим объединиться в совместной борьбе за политическую свободу.
Профессор химии В. В. Марковников сформулировал принцип «химического равновесия», который в обобщенном виде устанавливал зависимость равновесия внутримолекулярного влияния атомов от внешних физических и химических условий.
1903. Профессор университета С. А. Чаплыгин в своей докторской диссертации «О газовых струях» предложил метод, позволяющий решать задачи скоростной авиации.