Ежедневно – с 13 февраля 1993 г. по 4 апреля 1993 г. – пилоты транспортных и ударных вертолетов в сложных погодных условиях совершали перелеты через Муровдагский хребет (высота 3200–3700 метров) в высокогорный Кельбаджарский район и обратно, выполняя задачи как по снабжению и эвакуации, так и по боевому сопровождению. За этот период было выполнено около 4 тыс. вылетов, при этом был потерян лишь один вертолёт Ми-8 от случайного «дружественного огня».
После отстранения в феврале 1993 г. Сурета Гусейнова от командования 2-м армейским корпусом боевая работа азербайджанской авиации была значительно дезорганизована. Во время событий 4 июня 1993 г. в Гяндже правительство НФА пыталось заставить пилотов азербайджанских ВВС принять участие в карательной операции против лояльных Сурету Гусейнову воинских частей. Но, учитывая высокий авторитет Сурета Гусейнова среди пилотов ВВС, никто из пилотов не согласился принять участие в этой операции. По приказу руководства страны ВВС должны были нанести авиаудары по местам скопления лояльных Сурету Гусейнову в Гяндже войск. Однако, поднявшись с аэродрома Кюрдамир с полным боекомплектом, самолёты, пролетев над Гянджой, сбросили авиабомбы в пустынной местности к востоку от Гянджи. Также значительная часть боевого состава ВВС перешла на сторону Сурета Гусейнова. Так, экипажи четырёх вертолетов Ми-24 и одного вертолёта Ми-8 с летательными аппаратами прилетели в Гянджу и перешли на сторону Сурета Гусейнова.
Летом и осенью 1993 г. подразделения ВВС Азербайджана принимали активное участие в отражении наступления армянских войск на прилегающие к Нагорному Карабаху районы, нанося авиаудары как по наступавшим армянским войскам, так и по путям их снабжения. Так, в октябре 1993 г. экипажи Ми-24 под командованием Бахлула Зульфикарова принимали участие в боях в Зангеланском районе, оказывая огневую поддержку ведущим оборонительные бои азербайджанским войскам. И в дальнейшем в ходе боевых действий на фронте в 1993–1994 гг. боевая авиация Азербайджана, несмотря на потери, продолжала с честью выполнять возложенные на нее задачи.
Армейской авиацией также осуществлялось поисково-спасательное обеспечение. Данные операции проводились или из боевых порядков авиационных групп, или из положения дежурства на площадке или аэродроме. При производстве полетов в готовности находилась пара вертолетов поисково-спасательной службы (ПСС), ожидавшая вызова. Как правило, в состав экипажей дежурных вертолетов включались штатные поисково-спасательные отряды (4–6 человек) или поисково-спасательные операции производились разведгруппами, которые наиболее близко находились к месту падения летательного аппарата. При проведении поисково-спасательных операций работа наземных групп в обязательном порядке прикрывалась ударными вертолетами Ми-24. Для подавления огневых точек противника нередко привлекались самолеты штурмовой или бомбардировочной авиации. Поисково-спасательные мероприятия относились к разряду наиболее опасных и ответственных, сопоставимых с десантированием, с той лишь разницей, что эвакуировать раненых или погибших приходилось из мест, которые находились под контролем противника. Пилот вертолёта Ми-24 Алексей Шварев, экипаж вертолёта Ми-24 под командованием Игоря Костюка, пилоты МиГ-25 Тельман Гусейнов и Михаил Астафьев были эвакуированы с территории, контролируемой противником, и остались живыми исключительно благодаря поисково-спасательным операциям. Тела многих погибших пилотов самолётов и вертолетов также были эвакуированы поисково-спасательными отрядами.