Для безопасности участников конференции весь район их пребывания и передвижения был разбит на пять оперативных секторов, а для регулирования движения на дорогах по всему маршруту был задействован специальный батальон, прикомандированный из Москвы. Охрана шоссейных дорог была организована личным составом семи контрольно-пропускных пунктов численностью около двух тысяч сотрудников, из них более семисот оперативных работников и десять переводчиков. Для охраны Сталина, вместе с советской делегацией занявшим Юсуповский дворец в поселке Кореиз, было выделено сто сотрудников госбезопасности и батальон войск НКВД в количестве пятисот человек. Для зарубежных делегаций, прибывших с собственной охраной и службами безопасности, советской стороной была выделена внешняя охрана и коменданты занимаемых ими помещений. В распоряжение каждой иностранной делегации выделялись советские автомобильные подразделения.
Заседания решили проводить в Белом дворце Ливадии, где разместилась делегация Рузвельта. Так решил Сталин, чтобы не создавать неудобств американскому президенту в инвалидной коляске, который должен был на каждое заседание подвергаться дискомфорту при переезде. Кореиз, где расположен Юсуповский дворец, находится между Ливадией и Алупкой, там, в Воронцовском дворце, поселили делегацию Великобритании во главе с Черчиллем. Это окончательно испортило настроение премьер-министра, поскольку Сталин обосновался между ним и Рузвельтом. В этом Черчилль видел стремление Сталина встать между США и Великобританией и обеспечить свое доминирование на предстоящих переговорах.
При подготовке к ялтинской встрече вопрос обеспечения безопасности её участников и прежде всего глав союзных государств, стал одним из важнейших. По предложению английского премьера конференция получила кодовое название «Аргонавт», а в Советском Союзе ее окрестили — «Остров». С целью введения в заблуждение германской разведки, местом конференции называлась Мальта, где и встретились Рузвельт и Черчилль, чтобы заранее согласовать свои позиции перед вылетом в Крым. Премьер-министр напомнил президенту, что их точка зрения по «атомному вопросу» будет единой, в связи, с чем английские и американские зоны оккупации Германии должны включать в себя города, где по сведениям разведки имеются объекты атомного проекта Гитлера. Рузвельт оптимистически заметил, что предварительно расчленение Германии согласовано на совещаниях министров иностранных дел и проблем в этом вопросе не будет.
Президент США и премьер-министр Великобритании вылетели в Крым с Мальты в ночь на 3 февраля разными самолетами, где на аэродроме в Саки лидеров союзников и их многочисленное сопровождение более семисот человек, встречал Молотов. Всего в этот день в Саках произвели посадку тридцать транспортных самолетов и четыре десятка истребителей эскорта. На протяжении всего перелета самолеты поддерживали радиосвязь с Крымом, каждого от определенной точки над Черным морем советские истребители сопровождали до самого аэродрома. Затем разворачивались и летели за следующим — и так более четырех часов. Первым прибыл Черчилль, спустя час Рузвельт.