Все моряки были добровольцами, капитан Крузенштерн уделил особое внимание подбору экипажей, здоровью и настроениям людей, которым предстояло на многие месяцы уйти в тяжёлое плавание. «Пред самым кораблей отходом, – вспоминал позднее Крузенштерн, – нашел однако я нужным двух матросов оставить, потому что у одного оказались признаки цынготной болезни, другой же за 4 месяца пред тем женившийся, сокрушаясь о предстоящей с женою разлуке, впал в глубокую задумчивость. Хотя и обеспечил я жену сего последнего, выдав ей наперед полное его годовое жалованье, и хотя он действительно был здоров, однако не взирая на то, не хотел я взять с собою человека, в коем приметно было уныние; ибо думал, что спокойный и веселый дух в таком путешествии столько же нужен, как и здоровье; а потому и не надлежало делать принуждения…»
Для защиты от цинги, главной опасности для здоровья моряков той эпохи в долгих плаваниях вдали от берегов и свежей пищи, на корабли погрузили большие запасы клюквенного сока, настоя еловой хвои и квашенной капусты. До появления привычных нам консервов в жестяных банках оставалось еще много десятилетий, и особое внимание уделили заготовкам припасов, способных не портиться долгое время. Петербургский мастер Акинф Обломков умудрился так хорошо приготовить солонину в шестипудовых бочках из дуба, что по воспоминаниям Фаддея Беллинсгаузена, будущего первооткрывателя Антарктиды, в 1803 году плывшего мичманом на корабле Крузенштерна, это мясо даже после тропической жары «в продолжение трех лет, быв в различных климатах, не портилось».
Капитанов из дворянского сословия и рядовых матросов в ту эпоху разделяла целая пропасть. Однако, и Крузенштерн, и Лисянский, спустя годы начиная мемуары, перечислят не только офицеров, но и поимённо всех своих матросов. Вот их имена: Григорий Чугаев, Павел Семенов, Тарас Гледианов, Кирилл Щекин, Евсевий Паутов, Иван Вершинин, Петр Яковлев, Иван Яковлев, Никита Жегалин, Артемий Карпов, Михаил Звягин, Василий Задорин, Карп Петров, Иван Курганов, Евдоким Михайлов, Михаил Иванов, Алексей Федотов Егор Черных, Иван Елизаров, Федосей Леонтиев, Егор Мартыновъ Василий Фокин, Филипп Биченков, Феодор Филиппов, Матвей Пигулин, Перфилий Иванов, Куприан Семенов, Филипп Харитонов, Даниил Филиппов, Николай Степанов, Нефед Истреков, Мартимиян Мартимиянов, Алексей Красильников, Григорий Конобеев, Спиридон Ларионов, Еммануил Голкеев, Розен Баязетов, Сергей Иванов, Дмитрий Иванов, Клим Григорьев, Иван Логинов, Ефим Степанов, Егор Григориев, Иван Щитов, Степан Матвеев, Иван Андреев, Пётр Русаков, Осип Аверьянов Семён Зеленин, Пётр Калинин, Василий Маклышев, Иван Попов, Фадей Никитин, Пётр Борисов, Ульян Михайлов Иван Гаврилов Андрей Худяков, Михайло Шестаков, Александр Потяркин, Василий Иванов, Пётр Сергеев, Федот Филатьев, Бик Мурза Юсупов, Емельян Кривошеин, Андрей Володимиров, Иван Андреев, Илья Иванов, Василий Степанов, Митрофан Зеленин, Егор Саландин, Дмитрий Забыров, Ларион Афанасьев, Родион Епифанов, Потап Квашнин, Иван Васильев, Иван Алексеев, Федор Егоров, Моисей Колпаков, Терентий Неклюдов, Степан Вакурин, Павел Помылев, Амир Мансуров и аж два Ивана Михайлова.