Крузенштерн, зная о жалобе, отосланной Резановым в Петербург с Канарских островов, решил из Бразилии отправить свои пояснения, адресовав их лично царю Александру I. Письмо на разных попутных кораблях будет идти более пяти месяцев и попадёт в Петербург только в мае 1804 года. «Ясно видно, что г-н Рязанов заблуждается в истолковании инструкции своей, но виновен ли я в сём? – писал царю взволнованный капитан, – Государь! Не сочтите, чтобы честолюбие было причиной таковых поступков. Единым честолюбием поставляю ревностно выполнить должность мою и волю Вашу…»
Тем временем задержка у бразильских берегов ещё более обострила разногласия – изначально экспедиция рассчитывала пройти пролив между Южной Америкой и Антарктидой в самом начале 1804 года. Январь в южном полушарии является серединой лета с хорошей погодой, зато в феврале-марте те широты накрывают бури и шторма, особо опасные для парусных кораблей. В связи с этим Николай Резанов попытался радикально изменить маршрут экспедиции, предлагая вновь пересечь Атлантику и идти к Камчатке вокруг Африки, мимо Индии и Китая. Но упрямый Крузенштерн намеревался идти прежним маршрутом, который проложил он сам ещё в проекте экспедиции – через Тихий океан.
Вдобавок Резанов, как один из директоров торговой Российско-Американской компании, захотел дополнительно нагрузить корабли экспедиции, закупив в Бразилии ром и сахар. Военные моряки, готовясь к непростому походу в тихоокеанские воды, были решительно против. Вновь негативно сказывалась допущенная в Петербурге ошибка, когда в одну экспедицию впихнули, фактически, две «команды» с двумя начальниками и разными целями.
Внутренние разборки накалились до того, что в дело пошёл финансовый фактор. Резанов угрожал Крузенштерну, что тому «не достанется получить ни одной копейки» – по планам первой кругосветной экспедиции капитан должен был в случае успеха получить от Российско-Американской компании огромную премию в 10 тысяч рублей, целое состояние для того времени. Крузенштерн отвечал Резанову запиской, что готов совершить небывалое путешествие и без вознаграждения – «меня деньгами подкупить невозможно».
Конфликт начальников разделил и подчинённых: морские офицеры активно поддерживали капитана, а приказчики Российско-Американской компании были на стороне камергера. Мичман Ермолай Левенштерн в своём дневнике в те дни называет деятельность Резанова «самоуправством пассажира», одновременно с этим приказчик Фёдор Шемелин в своём дневнике пишет о «высокомерном самозванце» Крузенштерне.
«Что и подает повод к сомнению…»