Как следствие – полетели головы многих из тех, кому Тухачевский и Эйдман оказывали своё покровительство. Это в полной мере коснулось «детища» Тухачевского – РНИИ.
2 ноября 1937 года были арестованы и впоследствии расстреляны руководители института – Г. Э. Лангемак и И. Т. Клемёнов.
Глушко был арестован 23 марта 1938 года.
Королёв – 27 июня 1938 года.
Обоих обвинили в преступлениях, предусмотренных печально известной статьей 58 Уголовного кодекса СССР, пункты 7 и 11 – «участие в антисоветской подпольной контрреволюционной организации».
Конкретно Королёву приписывались «сознательное препятствование созданию эффективной системы питания для бортового автопилота ракеты «212» и разработка бесперспективной твёрдотопливной ракеты «217» с целью задержать развитие более важных направлений».
Оба «преступника» – Королёв и Глушко – получили по, соответственно, 10 и 8 лет лишения свободы (лагерей) с поражением в правах на 5 лет и конфискацией личного имущества.
Ну, и последнее – четвёртое везение. Р. Е. – во время ушел из института в тот момент, когда начались неудачные разработки самолёта-истребителя с жидкостным ракетным двигателем.
Неудачная попытка создания собственного ракетного самолёта 302 послужила причиной для ликвидации института, несмотря на ряд других успешных и важных разработок.
В 1941 году НИИ–3 был эвакуирован в город Свердловск. Директором НИИ -3 с 1942 по 18.02. 1944 был Костиков А. Г. Именно под его руководством велись разработки самолёта-истребителя с жидкостным ракетным двигателем. Для этих разработок были установлены очень жесткие сроки.
Сроки были не соблюдены.
В начале 1943 года Костиков принял решение два первых экземпляра нового реактивного самолёта оснащать только жидкостным ракетным двигателем, а отстававший в разработке прямоточный воздушно-реактивный двигатель (ПВРД) с самолёта снять.
Темпы создания самолёта ускорились, но характеристики его (скорость, скороподъёмность, дальность) резко снизились.
К тому же Костиков совершил, принимая это решение, и серьёзную организационную ошибку, которую при желании можно было приравнять к подлогу. Он не представил проведённые принципиальные изменения в тактико-технических данных и конструкции самолёта к оформлению постановлением правительства.
В январе-феврале 1944 года правительственная комиссия, возглавленная заместителем наркома авиапромышленности А. С. Яковлевым, пришла к выводу о необходимости прекращения работ. А. Г. Костикова обвинили в обмане правительства, сняли с должности директора НИИ-3 и 15 марта 1944 года арестовали.