Через несколько лет в стране началась перестройка. Директор института собрался уходить на пенсию, а весь тысячный коллектив института бурлил, толком не понимая, что происходит со страной и что же будет с институтом. Директор института был классическим назначенцем «по партийной линии», совершенно далёким от науки человеком, бывшим освобождённым секретарём партийной организации министерства, но он, как ни странно, успешно руководил институтом более десяти лет. Для Сашки директор был настолько высокопоставленным лицом, что он понятия не имел, что это за человек. Однако, тесно общавшиеся с директором коллеги говорили, что он, как минимум, не мешал никому и вообще был очень хорошим человеком. Институт был полон слухов о предстоящей смене директора. В таких случаях, как водится, выдвигались самые сенсационные предположения, от назначения на эту должность первого заместителя министра до каких–то нелепых назначенцев из других городов и даже из–за рубежа.
Сашку вызвали к директору, что само по себе было не обычным, а когда он вошёл в кабинет, не ординарность ситуации усилилась, поскольку в кабинете за столом для заседаний, кроме директора, находилось ещё несколько человек. Их всех вместе можно было назвать «всё руководство института». Директор пригласил ошалевшего Сашку присесть и сообщил, что руководство института предлагает ему возглавить институт в это не простое для страны время и что это предложение согласовано с министерством. На это оглушительное для него предложение Сашка ответил, что он должен подумать и попросил один день на раздумье.
Так весной 1991 года Сашка приказом министра был назначен директором головного профильного министерству института, а через несколько месяцев в Советском Союзе случился путч, и страна начала жить в совершенно других условиях. Сашке предстояло в качестве руководителя пройти длинный и трудный путь преобразования института из прикладного советского НИИ в многопрофильную компанию, работающую в новых условиях рыночной экономики.
В Сашкином институте в начале девяностых годов, на заре молодого русского капитализма, многие помещения института опустели. В советское время, когда все работы института оплачивались государством, коллектив института насчитывал более тысячи человек, размещавшихся на огромной площади различных по назначению помещений, от обычных офисных, до производственных и подсобных. Переход от плановой к рыночной экономике был чрезвычайно болезненным для большинства работников института. Многие представители прикладной науки столкнулись с тем, что их работа, щедро оплачиваемая советской плановой бюрократией, никому не нужна в новых условиях. Так называемые научные исследования, которые годами и десятилетиями выполнялись для отчётности в вышестоящих организациях, не имели никакой рыночной ценности. Постепенно работники института, не нашедшие применения своей деятельности, за которую мог бы хоть кто–нибудь хоть сколько–нибудь заплатить, стали увольняться. В институте стали освобождаться довольно большие площади, которые можно было сдавать в аренду.