Система должна быть строго монистической (созданная из ничего материя имеет только временное значение, как место очищения); однако фактически она заключает в себе дуалистический момент. В основе лежит противоположность Бога и твари. Противоречие, встречающееся во всех неоплатонических системах, заключается в двояком взгляде на духовный мир: с одной стороны, как раскрытие существа Божия, он принадлежит к самому божеству, но с другой стороны, как созданный, он противоположен божеству. Пантеизм отвергается, но вместе с тем сохраняется неземная природа человеческого духа. Он является свободным, но в своем неясном стремлении сознающим истинный путь, небесным эоном. Божественное происхождение, божественная цель, свободное решение составляют его сущность. Но узел завязывается уже в тот момент, когда дух воплощается. Таким образом, существует история до истории. Система состоит из трех частей: 1) Бог и его развитие, 2) падение созданного духа и его последствия, 3) спасение и восстановление. Ориген не заметил, что свобода грозит превратиться в призрак, если дух должен достигнуть своей цели. В развитии своей системы он отводит ей такое место, что ограничивает даже Божие всемогущество и всеведение. Драма Бога и мира извлекается, по-видимому, из Священного Писания (тайная традиция, игравшая еще роль у Климента, почти устраняется). Подобно тому, как существует мир духовный, душевный и материальный, так и Священное Писание, это второе откровение, состоит из тех же трех частей. Этим дается надежный метод эксегезе; она должна извлечь: 1) буквальный смысл, который является, однако, лишь оболочкой, 2) психическо-моральный смысл, 3) духовный. В некоторых случаях лишь этот последний должен приниматься в соображение, а буквальный приходится даже отвергнуть, что побуждает искать все большей и большей глубины. Эту библейскую алхимию Ориген развил до высшей степени виртуозности.
а) Бог есть единство, противоположное множественности, причиной которой он является; он – абсолютно существующее и духовное и противоположен относительно существующему. Он отличен от множественности, но порядок, несамостоятельность и стремления множественности свидетельствуют о нем. Бог как абсолютная причина, обладающая сознанием и волей, изображен Оригеном живее и, так сказать, более лично, чем гностиками и неоплатониками. Но так как Бог является всегда причиной, то он немыслим без откровения. Творческая деятельность принадлежит к его сущности, которая проявляется как раз во множественности. Но так как всякое откровение по необходимости ограничено, то Ориген не допускает неограниченного понимания всеведения и всемогущества; Бог может только то, чего он хочет; он не может того, что заключает в себе противоречие, т. е. что может стать не существующим (все чудеса естественного происхождения); он не может даже дать твари абсолютной формы, так как понятие твари исключает собою понятие бытия; он может сделать ее лишь относительно хорошей, так как идея никогда целиком не воплощается в материи, которая делает ее видимой. Свобода также ставит божеству пределы, которые оно, однако, само себе создало. Таким образом, относительная точка зрения применяется к самому понятию божества. Бог есть любовь и благость; правосудие является одной из форм проявления благости.