Индейцы Мексики и Перу, ацтеки и инки, на своем языке называли помидор словом томатлъ, что означает «крупная ягода». От этого слова происходит одно из общеизвестных сегодня названий растения — томат. А вот европейцы, впервые познакомившиеся с растением, сравнили плод томата с яблоком, а потому и назвали соответственно, итальянцы — pomidoro, то есть «золотое яблоко», а французы — ротте d’amour, то есть «яблоко любви». И от этих названий растение получило другое широко известное имя — помидор.
Основоположник современной биологической систематики Карл Линней дал помидору научное ботаническое имя — Solarium lycopersicon, в котором слово solarium обозначает родовую принадлежность растения (пасленовые), а слово lycopersicon — принадлежность видовую (томат). Видовое название lycopersicon происходит от древнегреческих слов likos, что значит «волк», и persicon, что значит «персик», то есть перевести его можно как «волчий персик». Есть мнение, что такое название имело некое несъедобное растение в Древнем Египте, и на помидор оно было перенесено именно потому, что первоначально плоды этого растения считались даже не просто несъедобными, а ядовитыми.
Во времена конкисты, в XVI веке помидор совершил большой вояж, и из Перу вместе с испанцами и португальцами попал в Европу. Испанцы и португальцы были первыми, кто стал культивировать растение в Европе. Позднее помидоры стали разводить итальянцы, а после они добрались до Франции, Англии, Дании, Австрии, Германии... Правда, поначалу растение в большинстве стран разводили как декоративное. Первое описание растения принадлежит итальянскому ботанику и врачу Маттиоли, причем именно его описание, как считается, и стало причиной того, что помидор в Европе долго не относили к съедобным растениям. Маттиоли назвал их mala insane, то есть «нездоровые фрукты», и в специальной литературе еще долго бытовало мнение, что растение ядовито. Нельзя сказать, что ученый был совершенно неправ. Как у всех пасленовых, зеленые части помидора действительно умеренно ядовиты. И вот, ради интересных красных и желтых плодов, зарисованных Маттиоли, растение выращивали в цветниках, на клумбах, даже в цветочных горшках на подоконниках, но не ели. В вышедшем в 1774 году в Дании «Полном руководстве по садоводству» говорилось: «Помидоры крайне вредны, так как сводят с ума тех, кто их поедает». Уверенность в ядовитости растения, кстати, породила немало курьезов.
Известна, например, история о том, как незадачливый трактирщик пытался отравить помидорами, приготовив из них блюдо, Христофора Колумба, как говорят, «в отместку за привезенную в Европу отраву». Искушенный мореплаватель только подлил масла в огонь, изобразив предсмертную агонию, после того как отведал блюдо. Обедавшие в том же трактире моряки успели разгромить все заведение, прежде чем Колумб, как ни в чем не бывало, потребовал счет.