Позже журналисты писали: «Из богатейшего убранства удалось спасти немногое. Несколько горельефов и картин художников было передано в Донской монастырь». Коломенский музей хотел приобрести из убранства храма золотые подсвечники, паникадила, резные деревянные двери, но члены «компетентной» комиссии заявили, что они ценности не представляют, и в передаче музею было отказано. Беломраморный инкрустированный алтарь-часовню комиссия также посчитала не представлявшим художественной ценности. Его приобрела жена американского президента Элеонора Рузвельт и подарила Ватикану, который оценил подарок по достоинству. «Часть дорогого облицовочного камня пошла на оформление стен гостиницы „Москва“, четыре яшмовые колонны поставили в зале заседаний ученого совета Московского университета. Жалкие крохи былого великолепия» (Романюк С.К. «Москва, утраты»).
После расправы с убранством храма рабочие приступили к разрушению его стен. «Целые рабочие батальоны вгрызались в стены, но они оказали упорное сопротивление», – писала пресса. Ломались отбойные молотки, сверла, стальные зубила, сами разрушители падали в изнеможении, а стены стояли как вкопанные. Храм один, без посторонней помощи, сопротивлялся варварству людей. Объяснение этому феномену дали архитекторы. Оказалось, что при укладке плит все швы в них и фундамент заливали не цементом, а расплавленным свинцом.
Выбившись из сил, разрушители сообщили о своей неудаче Сталину, который был возмущен их беспомощностью и бессилием и приказал взорвать стены храма. Этот кощунственный приказ был исполнен 5 декабря 1931 года. Бесценный памятник архитектура и искусства был превращен в груды щебня.
На месте храма образовался большой котлован, который залили водой, то есть превратили в болото. Оно «украшало» Москву 20 лет. В начале 50-х годов на том месте был построен плавательный бассейн «Москва», который стал местом тренировок по плаванию. А уже в 90-х годах на том же месте начали строить копию прежнего храма по старым чертежам. Но строили уже другие мастера. Огромный урон был нанесен не только казне, но и душам верующих прихожан.
Так же варварски продолжали разрушать и другие храмы и часовни по всей России. В Нижнем Новгороде был взорван Спасо-Преображенский собор. Он был построен 7 веков назад, в 1225 году. В этом соборе была могила Кузьмы Минина и его сына Нефеда. В Твери в 1936 году был уничтожен Преображенский собор и «на его месте поставлен памятник М.И. Калинину» (Фатей Шипунов). «Взорваны были многие соборы и монастыри в Симбирске, Казани, Астрахани, Самаре, Саратове, Костроме. С них снимали колокола и кресты, жгли иконы. Взорван Богородицкий собор в Муроме» (Ф. Шипунов). «Более 300 тысяч священников влачили существование лишенцев, были сосланы или расстреляны, – писал академик И.Р. Шафаревич, – 1935 год стал годом безбожной пятилетки». В 30-х годах были уничтожены тысячи священников. Сын одного священника (артист московского театра) в своей книге о расправе над священнослужителями писал: «Их везли на полигон в Бутове в битком набитой машине стоя, как скот, так как невозможно было присесть даже на корточки». Все они были расстреляны в один день. Это были те люди, которые призывали к милосердию и борьбе со злом.