Роберт Родригес в книге «Revolver: как Beatles переосмыслили рок-н-ролл» пишет, что мысль о подводной лодке приходила в голову и Леннону – в частности, когда они с Харрисоном и с женами отходили от своего первого ЛСД-трипа в апреле 1965 года (см. главу Tomorrow Never Knows в этой книге). Дизайн харрисоновского бунгало «Кинфаунс» показался ему тогда подводной лодкой, а самого себя он видел в ней капитаном. Маккартни же, как пишет в его авторизованной биографии Барри Майлc, хотел написать историю в духе классической, еще конца XVIII века и основанной на легенде о летучем голландце поэмы «Сказание о старом мореходе» английского поэта Сэмюэла Кольриджа и рассказать в песне о том, где и как жил древний мореход. Лишь со временем под влиянием господствующего для Beatles психоделического настроя середины 60-х текст песни становился все более и более туманным.
Хотя практика совместного написания песен Ленноном и Маккартни к тому времени еще не совсем отмерла, Леннон признавал: «“Yellow Submarine” – дитя Пола, хотя я чуть-чуть помог с текстом. И Донован внес свою лепту. Но в целом это идея Пола, его вдохновение, его название». Лепта Донована – строчка “sky of blue, sea of green”, которую друживший с Beatles певец и музыкант подсказал Маккартни, когда тот пришел к нему с почти готовой песней, в которой не было лишь концовки.
Дух детской песенки, проникнутой впитанным им с детства маршево-мюзикхолльным ощущением, вполне импонировал Маккартни: «мне нравится все, что связано с детьми, мне нравится детское воображение». С другой стороны, после окончательного отказа Beatles еще на предыдущем Rubber Soul от включения в свои альбомы «чужих» композиций, которые традиционно отдавались для вокала Ринго, Пол все же хотел, чтобы, как и прежде, по меньшей мере одну песню пел барабанщик. «Ринго вполне укладывается в образ детской песенки – эдакий классический добрый дядюшка – и потому такая песня подходит ему куда больше, чем что-то серьезное. Петь он не так чтобы уж очень любил, и ему нужно было что-то несложное для исполнения».
Текст песни так же прост, как и ее мелодия – детские воспоминания о «человеке, который плавал по морям и рассказывал нам о жизни в стране подводных лодок», и инспирированные этими рассказами собственные воображаемые путешествия «под голубым небом, по зеленым морям, в желтой подводной лодке».
И хотя идея возвращения к детству и детской образности была характерна и для Beatles их психоделической поры (“Strawberry Fields Forever”, “Penny Lane”, “Lucy in the Sky With Diamonds”