ЭС и НС связаны не только широковещательным сигналами, но и прямыми шлюзами: если НС выявляет определенные обстоятельства, то сигнал об этом уходит напрямую в шлюз ЭС. Принимая такой сигнал, ЭС трактует его аналогично сигналу от обычных органов ЭС – переключает свое состояние. Существуют и обратные шлюзы из ЭС в НС: переходы состояний ЭС отправляют специфическую команду через шлюз напрямую в НС. НС обрабатывает такую команду по обычным правилам. Пример такой команды – «пора просыпаться».
Предназначение нейронной системы – предугадывать, какие действия следует выполнить в сложившейся ситуации. К сожалению, существа нашей планеты не имеют возможности руководствоваться напрямую божьей волей, а вынуждены действовать на базе приобретенного опыта. Дабы обеспечить возможность предугадывания на основе опыта, НС запоминает, какие обстоятельства привели – с точки зрения эндокринной системы – к правильному переходу состояний, а какие – к неправильному. За обстоятельства принимаются как наблюдаемые из внешнего и внутреннего мира обстоятельства, так и собственные выполняемые действия. Нейронная система следит за наблюдаемым и за выполняемым, сплетая наблюдаемые состояния и выполняемые действия в единый сценарий. Такая конструкция нейронной системы позволяет телу в будущем повторять действия, которые в прошлом привели к «хорошо», и избегать тех действий – которые привели к «плохо».
Все новые выполняющиеся сценарии запоминаются. В момент фиксации очередного состояния ПЭС (при достижении ПЭС запланированного или незапланированного состояния), происходит оценка выполнявшихся за этот период сценариев – маркировка. Маркировка обладает аккумулирующий свойством: сценарии, ранее отмеченные правильными, при очередной разметке, либо усиливают свою правильность, либо ослабляют, вплоть до того, что могут быть перемаркированы неправильными. Маркировка обладает временным свойством: сценарии, долго не получающие дополнительное маркирование, ослабляют свою актуальность, вплоть до того, что могут быть забыты. Такой подход, во первых, позволяет высвободить аппаратные ресурсы НС, и, во вторых, позволяет со временем аннулировать сценарии, ошибочно запомненные как неправильные в результате единичного инцидента, далее ненаблюдаемого.
Новые запомненные сценарии, которые еще не проходили через маркировку, могут активироваться по общему правилу. Поскольку каждый новый сценарий возникает из какого то уже существующего путем фиксации доп обстоятельств (а в самом начале – из базового предпрограммированного, это будет освещено далее), то его правильность равна правильности предка. Таким образом, несмотря на то, что новый сценарий еще ни разу не подтверждал свою правильность, он будет «работать» на общих основаниях.