Но Господь не оставил своего избранника. Однажды, после сердечной молитвы отец Филарет, находясь в полусонном состоянии, увидел руку, писавшую на стене: “Не бойся! Судьбы архимандрита Филарета в руках Божиих!” С этого времени жизнь его совершенно изменилась. Перед церковными властями открылась полная невиновность отца Филарета, его вызвали в Санкт-Петербург (это было в 1814 году) и назначили инспектором Санкт-Петербургской духовной академии.
А вскоре отец Филарет стал ректором Московской духовной академии. При этом он проявил себя не только умелым руководителем учебного заведения, но и мудрым наставником и подлинным духовным отцом для семинаристов. Он имел подход к каждому, воспитывал своих питомцев не наказаниями, а внушением и добрым личным примером.
В 1819 году отца Филарета рукоположили в епископа Калужского и Боровского. О его деятельности на Калужской кафедре сохранилась архивная запись, что епископ Филарет «по благочестию своему, благости отеческой, кротости и смиренномудрию, благоразумию и дальновидности, по сердоболию и искреннему участию к бедным и по всему вообще архипастырскому служению был незабвенный для Калужской епархии святитель».
Владыка старался принимать все зависящие от него меры по улучшению материального состояния клириков, часто оказывал помощь нуждающимся духовным лицам из своих собственных средств, защищал духовенство от притеснений помещиков и гражданских властей. В случаях же виновности лиц духовного звания он был к ним отечески строг и требователен. Епископ Филарет всячески заботился о материальном и духовном благополучии монастырей епархии.
Будучи великим любителем и почитателем монашества и особенно старца Паисия (Величковского), он, как и митрополит Московский Платон (Левшин), обратил особенное внимание на Оптину пустынь и для большего преуспеяния в ней монашеской жизни решил устроить при обители скит во имя Предтечи и Крестителя Господня Иоанна. Для устройства скита он пригласил известных ему пустынножителей Рославльских лесов — Досифея, Моисея, Антония, Илария и других, которые и положили начало прославленному скиту при Оптиной пустыни.
Несколько лет спустя отец Моисей стал настоятелем Оптиной пустыни, а его брат Антоний начальником скита и, таким образом, духовная жизнь Оптиной пустыни сосредоточилась в руках опытных хранителей паисиевой традиции. В 1829 году к ним присоединился перешедший из Александро-Свирского монастыря ученик старца Феодора (Пользикова) иеромонах Леонид (в схиме Лев), и с его прибытием в Оптиной пустыни было положено начало оптинскому старчеству.