Он старался всегда быть внутренне собранным и внимательным к каждому движению души, ум старался хранить от рассеяния, чтобы не утратить действия молитвы в сердце. Это побуждало Иоанна к безмолвию уст и воздержанию всех чувств от лишних впечатлений, а также к весьма умеренному употреблению пищи и питья.
При этом он избегал показливости и ходил в трапезную вместе со всеми, только ел понемногу, не привлекая к себе внимания. Также не предавался Иоанн и совершенному молчанию, просто избегал пустословия и говорил лишь тогда, когда в этом действительно была необходимость. Так он стремился ничем внешне не выделяться среди братии, чтобы не разжигать в себе тщеславия.
Смирение Иоанн ставил во главу угла: всегда укорял самого себя, старался терпеливо переносить укоризны от других и крайне остерегался осуждения. Такая бдительность над собой, соединённая со смиренной молитвой, стяжала ему непрестанную память о Боге.
В 1874 году Иоанн был пострижен в монашество с именем Исаия; в 1880 году рукоположен в иеродиакона, в 1884 году — в иеромонаха. Видя его духовную опытность, настоятель назначил отца Исаию письмоводителем и поверенным по делам монастыря. В должности письмоводителя отец Исаия должен был отвечать не только на официальные бумаги, но и на многочисленные письма богомольцев, обращавшихся за советом, духовным наставлением, просивших молитвенной помощи и поддержки в своём горе. Ответы его, наполненные благодатью Святого Духа, всегда были душеспасительными.
Как поверенный по делам монастыря отец Исаия стал «правой рукой» настоятеля, преподобного Иннокентия, и не только хорошо ознакомился со всем монастырским хозяйством и многотрудными обязанностями аввы обители, но и находился под непосредственным духовным руководством святого отца. После кончины архимандрита Иннокентия братия Глинской пустыни избрала иеромонаха Исаию на должность настоятеля обители, в которой он подвизался почти четверть века — с 1888 до 1912 года, года его невинного страдания от злых людей и блаженной кончины.
В должности настоятеля отец Исаия много потрудился для благоустройства и процветания обители, как внешнего, так и внутреннего. Были построены новые храмы и дома, обновлена церковная утварь, устроена больница с домовой церковью. При нем в Глинской пустыни были организованы разнообразные мастерские, процветали садоводство, огородничество, пчеловодство и рыбоводство.
С ростом благосостояния Глинской пустыни возросла и её благотворительность. В годы настоятельства отца Исаии обитель ежегодно принимала около 50 тысяч богомольцев, которые бесплатно пользовались жильём, монастырской трапезой, лекарствами, одеждой, обувью, а иногда получали и денежную помощь. В случае нужды жители окрестных деревень безвозмездно получали от пустыни помощь хлебом или деньгами. В 1890 году при Глинской пустыни был создан «Дом трудолюбия» для обучения в нем разным ремёслам и грамоте крестьянских детей-сирот.