Заботясь о просвещении народа, отец Исаия организовал в 1891 году в Глинской пустыни издание религиозно-нравственных книг и листков. Большой популярностью пользовались «Глинские листки» и «Глинские Богородицкие книжки». Они содержали выдержки из житий и творений святых отцов и подвижников благочестия. Понимая, какое значение имеет духовное чтение в борьбе христианина со своими страстями, отец Исаия всеми мерами способствовал издательской деятельности своей обители. Уже в середине 1893 года пустынь издала 35 «Глинских листков» и 22 книги. Они бесплатно раздавались в благословение богомольцам. Обитель поставила также своей задачей издание жизнеописаний замечательных подвижников Глинской пустыни, и при отце Исаии было издано 15 таких жизнеописаний.
В 1908 году для борьбы с сектантскими лжеучениями в обители был открыт миссионерский кружок во имя святого апостола Иоанна Богослова. В обязанности членов кружка входило ежедневное чтение поучений в храмах, а также среди народа в гостиницах, столовых, на монастырских дворах. Эта деятельность велась под непосредственным руководством и наблюдением отца Исаии.
Но среди этих многогранных и благих внешних трудов основной заботой настоятеля было созидание правильной внутренней жизни братии, и здесь большое внимание он уделял бодрствованию каждого инока над своей душой. Сам отец Исаия, несмотря на множество забот, не только не терял внутренней собранности, но и преуспел в духовном трезвении, то есть в непрестанной молитве при постоянном внимании к своим помыслам и сердечным движениям.
Игумен Исаия говорил, что с трезвением соединено и составляет как бы единое целое немедленное отвержение приражающихся греховных помыслов. Поставив ум в трезвенное состояние, мы должны бдительно смотреть на нападающие помыслы и отвергать их при самом появлении, не принимая их и не давая им проникнуть в наше сердце. Отец Исаия говорил, что в борьбе с греховными помыслами в первую очередь требуется молитвенная деятельность ума, а иначе от помыслов избавиться мы не можем.
Игумен Исаия призывал иноков внимательно читать и изучать Божественное Писание, ибо Слово Божие помогает бороться с греховными помыслами. И самым главным в духовной жизни христианина он называл Причащение Святых Христовых Тайн, которое, соединяя нас с Богом, является одновременно и смыслом нашей жизни, и спасительным средством искоренения греховных помыслов. Во время настоятельства этого ревностного подвижника и пламенного молитвенника богослужения в Глинской пустыни совершались с особым благоговением и торжественностью.