На протяжении первых месяцев 1866 года созывались частые сходки каждой из организаций и рассматривались проекты устава и программы. Все эти проекты (а их было несколько, и по словам П. Ф. Николаева, какие-то из них были приняты) уничтожили после покушения Каракозова и начавшихся в Москве арестов. Однако из показаний на следствии вырисовывается такая картина.
Легальное общество должно было проводить пропагандистскую и просветительную работу, а кроме того, служило источником, откуда могла пополняться «Организация». Последняя ставила перед собой задачу свержения самодержавия любыми средствами, вплоть до террористических актов, и установление народовластия в виде федерации областей, наделенных широкими автономными правами и объединяемых центральной властью. Основной ячейкой областных автономий являлись общины, коллективно владевшие землей и средствами производства.
Намечалось создание разветвленной сети тайных обществ в провинции для проведения той же пропагандистски просветительной работы. С этой целью члены «Организации» предполагали разъехаться по губернским центрам, чтобы основать там местные организации. Эти задачи очень напоминают то, о чем рассказывал в своих показаниях Г. Вашкевич.
Функции «Ада» были прежде всего контрольными. Кроме того, на них должно было пасть осуществление акта цареубийства.
«Организация» рассматривала себя как ветвь Европейского революционного комитета, то есть бакунинского «Интернационального братства». Последнее приняло в глазах Худякова и его московских единомышленников такие масштабы, каких никогда не имело. Но Бакунин умел внушать представление о крупном размахе своих замыслов и деятельности. И сам ли Худяков с ним встречался или узнал об «Интернациональном братстве» через других, например М. К. Элпидина или Н. И. Утина, бывших в это время горячими поклонниками Бакунина, но и в том и в другом случае он уверовал в подлинную силу этой организации.
После возвращения Худякова из-за границы его связь с ишутинцами стала неразрывной. С ним согласовывались структура и программа тайного общества. Для личных контактов был выделен О. А. Мотков. Переписка велась через В. Н. Черкезова. Поездки ишутинцев и самого Ишутина в Петербург стали почти непрерывными.
Новый размах получила и деятельность петербургского подполья. Ее важнейшие факты и детали остались не раскрытыми следственной комиссией и не выявлены исследователями. Но по некоторым письмам, захваченным во время обысков, видно, что эта деятельность сильно активизировалась и требовала денежных средств. Письма эти были захвачены у Автонома Фортакова. Одно из них было из Астрахани от его брата Андрея и датировано 31 марта 1866 года. «Скажи Никольскому, — говорилось в нем, — что при всем моем уважении как к нему, так и делу я не мог найти денег ни под вексель, ни но до что; я же не мог дослать своих Потому, что в сборе их нет. Пускай он мне напишет, сколько ему нужно, я, может быть, как-нибудь перевернусь».