В 1926 году в Краснодаре он публикует книжку тиражом 500 экземпляров под названием «Краткий очерк о масличном подсолнечнике за период 1912–1925 гг.», где излагает результаты своих кропотливых опытов и исследований, до того мирно покоившихся в его толстой клеенчатой тетради с научными записями и цифровыми выкладками и таблицами. 67 семейств подсолнечника были исходным материалом, с которым вдумчивый экспериментатор начал свой труд, чтоб путем селекции создать новые сорта этого ценного растения, богатого маслом. В 20-е годы «Круглик» становится сердцем всей селекционной работы на Кубани. Именно здесь Василий Степанович творит все новые и новые сорта ценнейших культур.
Кроме традиционного способа выведения новых сортов путем отбора, под руководством Пустовойта проводится и большая работа по гибридизации пшениц. Старались отобрать растения, устойчивые к ржавчине, так как к тому времени это заболевание настолько распространилось, что представляло собой угрозу довольно серьезную.
Стали тогда пробовать на кубанских полях сорта из других областей. В середине двадцатых годов была рекомендована озимая Украинка. Вывели ее на Мироновской госселекстанции. Хотя Павел Пантелеймонович был в то время довольно молод, но и он хорошо помнит плакат и на нем молодую, пышущую здоровьем женщину. Держит она в руках большой каравай. И был на том листке призыв: «Якщо хочешь маты дебелу жинку, сий пшеницу Украинку!»
Тут и должен был, казалось, прийти конец начинаниям Пустовойта, так как новый сорт победил по конкурсу все выведенные им в «Круглике». Но это только придало ему решимости. Ведь он всегда считал, что Кубань обязана иметь свои сорта, потому что здесь довольно своеобразны и почвенные и климатические условия. Работая вместе с женой, Василий Степанович увеличивает объем опытов, набирает большой штат сотрудников. Он вовлекает в испытания зарубежные сорта, особый интерес проявляет к канадским. По его собственному признанию, дел было так много, что ученые нередко и ночевали в поле, не имея возможности отлучиться.
В сентябре 1928 года на одном из краевых совещаний, посвященном важнейшему производственному вопросу — как поднять урожайность, Пустовойт говорит о селекции как молодом деле на Кубани, отмечает, что оно идет медленно из-за скудной материальной базы, и тут же горячо поддерживает высказанную другими селекционерами мысль о том, что кубанские опытные станции почему-то «не обслуживают непосредственно хлеборобов». Василий Степанович убежденно заключает свою речь: «Нужны средства, нельзя оставлять опытные учреждения в ненормальном положении полной материальной необеспеченности…» Видимо, кое-кому из местного начальства не совсем пришлось по вкусу столь предметное указание Пустовойта на причины, являющиеся основным тормозом в работе «Круглика». И вскоре он почувствовал какое-то недоброжелательное давление сверху.