С 6 февраля 1971 года переведён в Петропавловский собор города Томска священником.42
Томичи приняли с искренней любовью, которая и до днесь сохраняется. Летят дни, месяцы и годы. Зима сменяется весною, весна — летом. И так далее.
Томск. Петропавловский собор
В сентябре 1971 года пошёл в отпуск. На этот раз поездки совершал по Сибири. Был в Якутске, у брата, о. Варсонофия.
Якутск расположен в зоне вечной мерзлоты. Основан в 1632 году казаками.
Лампада, осветившая всю Якутию
Якутск, 1968 г.
До конца дней своих отец Серафим с упоением и особой душевной любовью вспоминал суровую Якутию. В Якутске с 1968 по 1971 год служил брат отца Серафима Варсонофий. Отец Серафим посещал родственника во время отпуска.
— Дорога из Иркутска в Якутск занимала трое суток, а то и более, — вспоминал позднее батюшка. — Встречающие приезжали в город на Ангаре вместе с тулупами, зипунами и прочими тёплыми вещами, чтобы не замерзнуть в самой обжигающей морозом сибирской глубинке. Всё это незабываемо.
Якутск, иеромонах Варсонофий (Брыксин), 1970 г.
В Якутске в 1971 году и в 2010‑м бывал нынешний Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
Напомним, что официальной датой вхождения Якутии в состав Российского государства считается 1632 год, когда красноярский казачий сотник Петр Бекетов заложил острог на правом берегу Лены. Тогда же началась христианизация коренных жителей — якутов, эвенков, эвенов и юкагиров.
В XVII–XVIII веках Якутский острог служил опорной базой русским землепроходцам, осваивавшим Дальний Восток и Американский континент. Священнослужители, состоявшие в их отрядах, проповедовали среди местного населения и крестили по доброй воле. По архивным данным Якутской и Ленской епархии, в 1823 году некрещеные составляли всего один процент. Параллельно в Якутии строились храмы и часовни, создавались церковно-приходские школы, переводилась и издавалась на якутском языке духовная литература. Православие сыграло объединяющую роль в отношениях между народами края.