Владыка отвечал:
— Нет. Надо мне окончить жизнь, а вам нужно пройти школу на костях.
Монахи каждый день готовились к тому, что их арестуют. И вот однажды, в день празднования в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница», была отслужена литургия, все причастились и увидели в небе «кукурузник». Нас выследили с самолета.
Стал этот «кукурузник» вывозить братию по два человека в Джалал-Абад, в тюрьму, и никто, ожидая своей очереди, не сбежал и не спрятался. По всей стране в газетах писали, что далеко в горах нашли целую банду монахов. Старца увезли первым, и его я больше не видел. Впоследствии стало известно, что владыку Петра посадили под домашний арест в городе Глазове Кировской области. Остальных, арестовав, обвинили в том, что они убежали от советской власти и убедили молодёжь не служить в армии. Было это в 1951 году.
Вывезенных с гор Тянь-Шаня монахов отправили в город Бийск. Здесь неподалеку от города была разрушенная деревенька с сохранившейся церковью. Они построили себе землянки и стали служить в церкви по монастырскому уставу. Вскоре была амнистия.
Братии многим достались паспорта, о. Мисаилу — «волчий билет», разрешавший жить в каком-либо населенном пункте не более трёх недель. Стал он переезжать из города в город по всей Средней Азии. Вскоре, устав от бесконечных переездов, он ушёл в бега. Был объявлен во всесоюзный розыск. О. Мисаил узнал об этом позже, иначе бы не отправился тайно в родной Оренбург. Находясь на квартире у сестры, о. Мисаил обнаружил, что дом оцеплен. Едва сумел скрыться, выйдя из дома, надев поверх рясы женское пальто, а на голову накинув платок.
Где только не пришлось скрываться о. Мисаилу от ищущих его солдат. На чердаке в сене, которое прокалывали штыками, в коптильне, в колодце, в овраге. Один раз под койкой, на которой сидел энкаведешник, который допрашивал хозяев.
— Вот проклятый одноглазый поп! — жаловался он. — На него всесоюзный розыск объявлен, а мы не можем его схватить.
В 1955 году о. Мисаил благополучно вернулся в Среднюю Азию. Там его всё-таки арестовали. Епископ Ташкентский Ермоген (Голубев, 1896–1978 годы жизни), взяв его на поруки, отправил в Пржевальск. С 1955 по 1956 год о. Мисаил был псаломщиком Троицкой церкви города Пржевальска Иссык-Кульской области.
О своей дальнейшей судьбе отец рассказывал так:
— В начале 1956 года владыка Ермоген (Голубев) с сопроводительным письмом отправил меня в Москву к Патриарху Алексию I (Симанскому, 1877–1970 годы жизни). Девять дней прожил я у Святейшего в Чистом переулке, а потом, по его благословению, уехал в Одессу. С марта 1956 года пребывал в числе братии Свято-Успенского монастыря города Одессы на различных послушаниях, в том числе — помощником уставщика и келейником митрополита Нестора (Анисимова, 1885–1962 годы жизни) и архиепископа Даниила (Юзвьюка, 1880–1965 годы жизни).