К вечеру Освальд был арестован, а еще через день в здании далласской тюрьмы и на глазах миллионов телезрителей Освальда застрелил Джек Руби, мафиозный владелец местного ночного клуба. Довольно скоро состоялся суд, за это убийство приговоривший Руби к смертной казни. Правда, апелляционный суд данное решение отменил и назначил повторное рассмотрение, но тут уже Руби умер сам. В тюремной камере, от тромба.
Для расследования обстоятельств убийства JFK новым президентом Линдоном Джонсоном была назначена следственная комиссия с неограниченными полномочиями, которая по имени возглавившего ее председателя верховного суда получила в истории название «Комиссия Уоррена». Как следует из опубликованных материалов работы комиссии, уже в самом начале 1964 г., примерно через 40 дней после убийства, была сформулирована общая концепция выводов: убийца президента – одиночка Ли Харви Освальд, сделавший три выстрела; убийца Освальда – тоже одиночка, пошедший на этот шаг из эмоциональных побуждений и жажды мщения.
Поскольку в результате установленных трех выстрелов у трех человек оказалось по меньшей мере четыре пулевых ранения, то баллистическая экспертиза выглядела так. Первая пуля попала президенту в верхнюю часть спины, прошла насквозь через шею, после чего попала в сидевшего на переднем сидении губернатора Техаса Конноли. Попав тому в правую подмышку, пробила ребро, прошла через грудь и ушла в левое бедро (при этом на приобщенной к делу пуле, прошедшей 8 разных тканей и пробившей 2 кости, не оказалось ни малейших повреждений, ни следов столь выдающейся траектории). Вторая пуля прошла мимо, но рикошетом отскочила от мостовой и легко ранила случайного прохожего. Третья пуля попала президенту в заднюю часть основания черепа, а затем в мозг, в результате чего этот выстрел оказался смертельным.
Десять последующих месяцев комиссия Уоррена вела расследование в рамках именно этой концепции, игнорируя все факты и обстоятельства, не вписывающиеся в версию следствия. Более того, в материалах комиссии достаточно быстро стали находить следы манипулирования фактами. Так, кадры любительской киносъемки Эбрахама Запрудера, на которых отчетливо видно, как президента от удара пули резко отбросило назад, в дело вставлены в виде ряда фотоснимков, расположенных в обратном порядке. Такая последовательность кадров создает впечатление, что тело пошло вперед, поскольку по версии следствия все выстрелы делались сзади.
Отчет комиссии Уоррена на 888 страницах и 26 томов следствия у многих оставили чувство неудовлетворенности. Цель всей этой груды материалов просматривалась достаточно явственно – доказать, что не было никакого заговора. И в то же время здесь совершенно не давался ответ на вопрос, почему был убит президент. Как показал опрос, даже в 1965 году, когда у американцев еще не было дополнительной информации, менее 50% поверили выводам комиссии Уоррена.