Большевистское руководство не собиралось вести непредвзятого судебного расследования. Это очевидно из инструкций, данных Лениным за неделю до объявления о процессе народному комиссару юстиции Курскому: «Ни малейшего упоминания в печати о моем письме быть не должно». Ленин настаивал на организации ряда «образцовых процессов» с целью усиления репрессий против меньшевиков и эсеров, образцовых «по разъяснению народным массам, через суд и через печать, значения их», «образцовых, громких, воспитательных процессов», сопровождаемых значительным шумом в печати. Ведь «воспитательное значение судов громадно».
Судьи должны были руководствоваться «революционным правосознанием», «считаться не только с буквой, но и с духом» коммунистического законодательства и не отступить перед приговором к расстрелу. Партия должна была воздействовать на судей и «шельмовать и выгонять» тех, которые поступали иначе. Таким образом, целью процесса эсеров не было выявление правды – он должен был служить средством пропаганды против политических противников.
Следствие вёл чекист Яков Агранов. Методы следствия в сравнении с 30-ми годами ещё очень «гуманные», но уже используются и давление, и угрозы. И ещё любопытный штрих к картине советской «законности» – эсеров судили по законам, которые не существовали при совершении их деяний, так как новый Уголовный кодекс вступил в силу лишь за неделю до начала процесса.
Объявление о процессе эсеров вызвало реакцию в международном социалистическом движении. Эсеры и меньшевики в эмиграции требовали от Второго Интернационала поддержать подсудимых. Обе организации во время международной социалистической конференции в апреле 1922 года в Берлине добились от Коммунистического Интеранационала определенных гарантий. В частности, им было обещано, что подсудимые не будут приговорены к смертной казни. Второй Интернационал в качестве защитников послал в Москву известных социалистов Эмиля Вандервельде и Артура Вотеса из Бельгии, Курта Розенфельда и Теодора Либкнехта (брата Карла Либкнехта) из Германии. Большевики оскорбились таким «давлением». И выставили в противовес «своих», проверенных членов Коминтерна (например, Клару Цеткин). Таким образом, процесс эсеров превратился в своего рода выяснение отношений между коммунистами и социалистами на международной арене. Процесс эсеров проходил в Колонном зале Дома Союзов в центре Москвы с 8 июня по 7 августа. Заседания шли шесть дней в неделю, с полудня до 17 часов и вечером с 19 до полуночи. В нём принимали участие некоторые высокопоставленные большевики.