На следующем заседании защитники опротестовали происходящее. Они указали, что суд грубо нарушал правопорядок, и потребовали прекращения процесса, возобновления его при другом составе трибунала. Суд отверг протест и ответил оскорблениями и угорозами в адрес защитников, после чего защитники отказались участвовать в судебном процессе. Их за это на несколько месяцев посадили в тюрьму, а потом административным путём выслали из Москвы.
После этого обвиняемые «первой группы» сами взяли на себя защиту. Но их цели отличались от целей адвокатов. Предотвратить смертный приговор не было их первой заботой. Они также не стремились к исключительно юридической защите – процесс, на их взгляд, был методом политической борьбы. Если большевики смотрели на процесс как на политическую демонстрацию против эсеров, то эсеры, наоборот, хотели превратите процесс в политическую демонстрацию против диктатуры большевиков, обвинить обвинителей.
В центре внимания на процессе стояло покушение Фанни Каплан на Ленина: обвинительное заключение, базируясь на показниях Семёнова и других, гласило, что покушение было совершено по поручению членов ЦК ПСР. Подсудимые отрицали обвинение. Хотя доказательства были на стороне обвиняемых, суд все же принял версию Семёнова.
По версии Семёнова, в эсеровских партийных организациях культивировались террористические методы. Эсеры Гоц, Ратнер и Чернов неоднократно выступали с заявлениями о необходимости террора. За применение террора высказывались целые эсеровские организации (петроградская, харьковская).
Наконец, в феврале 1918 года ЦК партии эсеров официально обсуждал этот вопрос. На заседании выявились две точки зрения: одни (В.М.Чернов и др.) высказывались за террор, другие (М.С.Сумгин) – считали невозможным применение террора против Советского правительства и большевиков. Победили сторонники террора. Однако принятое решение держалось в секрете. На суде эсеровские руководители уверяли, что ЦК партии принял большинством голосов отрицательное решение о терроре.
Первые попытки огранизовать антисоветский террор предпринимались отдельными эсерами и местными эсеровскими партийными организациями. В частности, в Петрограде зародился план – устроить взрыв поезда Совнаркома во время переезда правительства из Петрограда в Москву, а эсеровская активистка Коноплёва обещала совершить покушение на В.И.Ленина.
Замысел у сотрудницы петроградского комитета партии эсеров Коноплёвой возник в феврале 1918 года. О своем намерении она сообщила руководителю военной работы при ЦК партии эсеров Б.Рабиновичу и члену ЦК А.Гоцу. Заботясь о том, чтобы партия не несла ответственности за покушение, Коноплёва предложила придать покушению форму «индивидуального акта». Это означало, показывала позже на суде Коноплёва, что «акт должен совершиться с ведома партии, с. ведома ЦК, но я, идя на это дело, не должна была заявлять, что это делается от имени партии, и даже не должна была говорить, что являюсь членом партии».