Три различных течения мысли оказались слитыми в сознании правящих кругов эпохи Мэйдзи, повлияв на проводимую ими политику. Первая учила своих приверженцев пытливости, вторая – действию, а третья – целенаправленности. Все они были к моменту своего становления в токугавовской Японии тихими, скромными плодами сугубо теоретических изысканий и проповедовались мистически настроенными мыслителями, которые действовали всегда в условиях официального запрета, находясь зачастую в ссылке, а иногда и на волоске от смерти. По мере распространения их идей многие из них оказывались жертвами токугавовских камер пыток, а кровь некоторых из них «потоком стекала с мечей и копий токугавовской юстиции». Со временем идеи этих людей объединили и втянули в борьбу весь японский народ.
Когаку, школа древнего, или классического, обучения, возникшая в конце XVII века, явилась как бы протестом против догм токугавовских академических школ. Ее приверженцы утверждали, что неоконфуцианство Чжу Си (1130-1200), будучи идеологией правящих кругов, вовсе не является конфуцианством, это всего лишь превратно истолкованные буддизм и даосизм. Поэтому когакуси, проповедники школы классического обучения, требовали, чтобы люди «очнулись», предлагая им вернуться к трудам самого мудреца и тем самым познать настоящий смысл конфуцианства. В оригинальных китайских текстах, говорили эти проповедники, можно найти не только указание на божественное право императора на власть, но и на право его подданных критиковать и ограничивать его властные полномочия. Ученый муж Огю Сораи (1666-1727) и ронин (самурай без сеньора) Ямага Соко (1622-1685) были наиболее яростными сторонниками школы классического обучения. Первый придерживался утилитарных взглядов, определяя мораль как зависимую от социальных нужд, а вовсе не естественных побуждений категорию, последний же, для которого «представитель высших слоев общества постоянно деградирует», заложил первый камень учения о бусидо. Хан (феодальное владение) Тёсю на острове Кюсю строго придерживался этой философии.
Второе течение мысли, также берущее начало в XVII веке, называлось ёмэйгаку, школой интуиции, или разума; оно восходит к китайской конфуцианской школе Ван Янмина (яп. Оёмэй). Приверженцы ёмэйгаку считали, что знания – это основа жизни. Для них знание означало способность действовать; по их словам, «знание есть начало действия, а действие есть завершение знания». Философии ёмэйгаку не были чужды и более высокие идеалы: знание должно быть «добродетельным знанием» в руках достойных людей, которые «проживут жизнью мудреца» и «отдадут все свои силы на благо отечества». Ученый муж Накаэ Тодзю (1608-1648) и ронин Кумадзава Бандзан (1619-1691) были первыми представителями ёмэйгаку в Японии. Накаэ придерживался того, что истинное обучение равносильно «главенству разума», состояние, которое является воплощением самой добродетели. Кумадзава мучительно переживал жалкое положение воинского сословия, он хотел вернуть его в состояние, когда оно вновь будет готово защищать страну; данная концепция должна была опираться скорее на «крестьянина-солдата», чем на наследственного профессионального воина. Владения Сацума, Тёсю и Мито стали главными поборниками этой философии, сторонников которой жестоко преследовало центральное правительство бакуфу.