Другой плод умственных усилий XVII века – кокугаку, школа национальной науки, основанной на интерпретации японской национальной традиции, представляла собой третье течение мысли. Она призывала к познанию «истинного японского духа» и удалению чуждых элементов из японской культуры. Буддийский монах по имени Кэйтю (1640-1701) явился предтечей кокугаку. Первыми представителями этого течения были Мотоори Норинага (1730-1801) и Хирата Ацутанэ (1776-1843). Оба этих ученых мужа отвергали конфуцианский рационализм и этику во имя более эмоционального учения с явно различимыми националистическими нотками. Кокугаку ставит во главу угла преданность престолу, этот факт позволил учению кокугаку оказать влияние на все стороны японской культуры. С особенной силой оно запало в души тодзамадаймё и их воинов.
Вслед за объединением Японии под началом Токугавы Иэясу (1542-1616) и утверждением токугавского центрального правительства бакуфу все даймё и их владения оказались разбиты на две группы: фаворитов-фудай, иначе наследственных вассалов, которые были союзниками Иэясу еще в 1600 году; и тодзама – тех даймё, что присягнули на верность лишь после того, как была полностью установлена власть дома Токугавы. Владения тодзама обыкновенно располагались вдали от Эдо (ныне Токио), местонахождения правительства, поэтому они были более изолированными, а кроме того сохраняли большую степень автономии по сравнению с территориями наследственных вассалов. Поэтому находились люди в уделах Тёсю, Хидзэне и Сацуме на острове Кюсю и в уделе Тоса на острове Сикоку (всё владения тодзама), которые, испытывая сильное влияние учений кокугаку, отличались общественным рвением и воинственным пылом, что было характерно для средневековых воинов-рыцарей дотокугавовского периода.
Многочисленные безотлагательные проблемы, вызванные социальными язвами токугавовского общества, приходилось разрешать правительственным лидерам Мэйдзи. Несмотря на внешние опасности, внутренние мятежи, убийства, возрастающий поток западных технологий и экономический пресс, они, однако, сумели выдержать умеренный курс. Они столкнулись с проблемой создания жизнеспособных отношений между проявлениями реального национализма и идеалистическими устремлениями и пытались определить, подходит ли этика японского средневекового рыцаря и сами институты рыцарства новому обществу. Подобные социально-политические головоломки было не так просто и мирно решить.
Почти вся эпоха Мэйдзи была охвачена неимоверными страстями. Многие влиятельные лица и в самом правительстве, и вне его были сторонниками радикальных действий. Как радикалы они буквально понимали лозунг "