Собор против еретиков собрался в Москве в декабре 1505 г. На этот раз вместе с Иваном III номинально председательствовал Василий, но фактически был один председательствующий. Руководителей ереси приговорили к сожжению на костре. Троих, включая брата Федора Курицына и Ивана Максимова, сожгли в Москве 27 декабря. Вскоре после этого нескольких других еретиков казнили в Новгороде.262 Елена Молдавская скончалась в тюрьме 18 января 1505 г.
Отказ собора 1503 г. одобрить секуляризацию церковных земель и жестокое наказание еретиков, назначенное собором 1504 г., больно задели чувства Ивана III. Его захлестнули отчаяние и тоска: он, по-видимому, каялся в своих последних ошибках. Однако теперь было слишком поздно что-либо менять. Автоматически он продолжал исполнять обязанности великого князя. Его вассал, хан Казани Мухаммед-Эмин, поднялся против Ивана III и зверски убил многих русских купцов, живших в Казани. В сентябре казанские татары напали на Нижний Новгород, но были отбиты. Что касается семейных дел, то 4 сентября 1505 г. Василий женился на Соломонии Сабуровой, дочери московского боярина. Обряд совершил митрополит Симон. Иван III присутствовал на свадьбе.
Думал ли Иван III о возвращении к власти Дмитрия? Слухи об этом ходили по Москве еще в 1517 г., во время первого приезда Герберштейна в Москву. Герберштейн рассказывает, что когда Иван III умирал, "он приказал привести к нему Дмитрия и сказал – «Дорогой внук, я согрешил против Бога и тебя тем, что заточил те в темницу и лишил наследства. Поэтому я молю тебя о прощении Иди и владей тем, что принадлежит тебе по праву». Дмитрия тронула эта речь, и он легко простил своему деду все зло. Одна когда он вышел, его схватили по приказу дяди Гавриила (то есть Василия) и бросили в тюрьму.263 Иван скончался 27 октября 1505 г.