Предложение встретило яростное сопротивление. Митрополит Симон, три года назад благословивший захват церковных земель в Новгороде, теперь протестовал против возможности применения подобных мер ко всей Руси. Как мы знаем, до конца 1503 г. Симон никогда не осмеливался открыто противоречить Ивану III. Теперь, однако, он мог рассчитывать на защиту Василия. Противники Нила сделали все, чтобы отклонить его предложение. Иосифа Санина, уехавшего из Москвы за день до речи Нила, поспешно затребовали обратно. Большая часть собора оказалась в оппозиции к Нилу. Иван III трижды пытался переубедить совет, но в конце концов был вынужден отступить, после того как Иосиф и другие защитники существующего порядка засыпали его цитатами из отцов церкви и византийских церковных уложений, подтверждающих их позицию.258
Отказ собора позволить дальнейшую секуляризацию церковных земель был серьезным ударом по планам Ивана III увеличить фонд поместной земли, а через нее дворянское ополчение. Поскольку Василий поддерживал решение собора, Иван III не мог ничего поделать. Ему скоро представилась возможность нанести ответный удар одному из самых активных врагов еретиков, архиепископу Геннадию Новгородскому. Геннадий подписал решение собора, упраздняющее плату епископам за введение священников в сан; но по возвращении в Новгород он не смог убедить своего секретаря прекратить эти поборы. В Москву немедленно поступили жалобы. При других обстоятельствах Геннадий, скорее всего, сумел бы выпутаться или во всяком случае получить лишь небольшое наказание или выговор. Теперь Иван III потребовал от митрополита Симона немедленных действий, и Геннадия тут же убрали из епархии.259
После смещения Геннадия руководство борьбой против ереси принял на себя Иосиф Санин. В вышеупомянутом письме от апреля 1504 г. к духовнику Ивана III Митрофану Иосиф побуждает Митрофана использовать все средства, чтобы убедить Ивана III в необходимости подавить ересь. Иосиф утверждает, что если Митрофан не сможет справиться с задачей, Бог накажет и его (Митрофана) и Ивана III.260 Василий, в свою очередь, вне всяких сомнений, подталкивал отца созвать новый церковный собор, чтобы заклеймить ересь. Наконец Иван III сдался. Стоит отметить, что примерно в это время (не позже 16 июня 1504 г.) Иван III написал завещание, в котором «благословил» Василия «всеми русскими великими княжествами». Младшим братьям Василия давалось указание считать Василия «своим отцом» и во всем ему подчиняться. Дмитрий вообще не упоминается в завещании. Подпись засвидетельствовали четыре человека: духовник Ивана III, архимандрит Митрофан; председатель боярской думы, князь Иван Холмский; князь Данила Васильевич Щеня; и боярин Яков Захарьевич Кошкин.