Братья Василия III попытались использовать конфликт с Литвой в своих властных интересах. В 1511 г. Василий получил донесение, что князь Семен Калужский намеревается присоединит к великому князю литовскому Сигизмунду. Василий приказал Семену немедленно явиться в Москву. Семен испугался и попросил митрополита и епископов вымолить у Василия ему прощен Василий снизошел к просьбам сановных священников, но Семену пришлось распустить своих бояр и слуг и принять новую свиту, посланную ему Василием.299 Семен умер в 1518 г. Отношения между Василием и другим его братом, Дмитрием Углицким, тоже время от времени становились натянутыми. Василий упрекал своего брата в неподчинении власти великого князя. Однако открыт конфликта между ними не произошло.300
Около 1514 г. брат Василия III Юрий Дмитровский (следующий по старшинству после него) организовал вместе со своими боярами заговор. Слуга Юрия сообщил великому князю о планах его брата. Василий собирался было взять заговорщика под стражу но Юрий обратился к Иосифу Санину, умоляя престарелого настоятеля вступиться за него. Следует вспомнить, что в 1513 князь Федор Волоцкий умер, и Волоцкий удел был присоединен к Москве. Теперь Василий часто ездил в Волок охотиться, и их ношения с Иосифом восстановились. Иосиф был болен, когда Юрий попросил его о помощи, и не мог самостоятельно отправиться в Москву. Он послал к Василию двух монахов из своего монастыри После бурной беседы с преподобными Василий III согласила простить Юрия. Вскоре после этого Иосиф умер. Ему было семьдесят шесть лет (1515 г.).301
Незадолго до смерти Иосиф отправил Василию III послание, в котором просил великого князя проявить к Волоцкому монастырю особую заботу и оказывать обители покровительство. Затем Иосиф попросил братьев монастыря выбрать ему среди них подходящего преемника. Они выдвинули Даниила, уроженца Рязани С согласия Иосифа митрополит Варлаам посвятил Даниила в настоятели. Василий III сдержал обещание, данное Иосифу, часто наезжал в Волоцкий монастырь, любил охотиться в его окрестностях. Вскоре он сдружился с новым настоятелем – Даниилом. то же время отношения Василия III с митрополитом Варлаамом постепенно ухудшались. Последним важным делом Варлаама, одобренным Василием, было приглашение с горы Афона ученого греческого монаха для перевода на русский язык некоторых греческих религиозных рукописных книг, имевшихся в московских библиотеках, и для того, чтобы бороться на догматической почве с ересью жидовствующих (1515 г.). Тот монах, которого москвичи хотели заполучить, был стар и немощен и не отважился на путешествие в Москву. Вместо него старейшины горы Афон направили в Москву молодого греческого ученого, Михаила Триволиса, чье монашеское имя было Максим и который стал известен на Руси как Максим Грек. Он прибыл в Москву в 1518 г.