Не может быть и сомнения в том, что прибытие Софьи в Москву не понравилось некоторым из придворных Ивана. Ее воспринимали интриганкой, тяготеющей к власти над своим супругом и подрыву позиций его бывших советников. Но при ее умении приспосабливаться и такте она, очевидно, преуспела в установлении добрых отношений со своей свекровью, по крайней мере, так казалось окружающим. С другой стороны, ее неродной сын, Иван Молодой, которому было шестнадцать ко времени прибытия Софьи, относился к ней подозрительно. Вероятно и Софья не любила его. Контарини говорит, что Иван Молодой «не находится в большей чести из-за своего плохого поведения»31. Это заявление явно отражает некоторые сплетни при дворе Софьи в 1476 г. Указание на ее неприятие в некоторых кругах московского общества могут быть обнаружены в русских летописях при описании русско-татарского конфликта 1480 г. Некоторые из летописцев критиковали Софью за то, что она покинула Москву во время опасности и бежала на север Руси из соображений самосохранения.32
Острые нападки на Софью были предприняты в XVI веке противниками ее сына Василия III и ее внука Ивана IV. Барон Сигизмунд Герберштейн, который дважды посетил Россию, в 1517 и 1526 гг., получил сообщение (очевидно от враждебных бояр), что Софья «очень коварна» и что Иван III «делает многое при ее подстрекательстве».33 Иван Берсень-Беклемишев (сын вышеупомянутого Никиты Беклемишева) сказал ученому Максиму Греку около 1520 г., что «когда великая княгиня Софья прибыла сюда с вашими греками, наша земля попала в трудную ситуацию и начались беспорядки». Он пояснил, что причинами этих беспорядков были высокомерие великого князя и его отказ советоваться со старыми боярами. В этом случае, однако, он имел в виду сына Ивана III Василия, а не самого Ивана. Он сказал, что Иван был добр к своим советникам и ценил откровенную критику своих действий. Князь Андрей Курбский, который порвал с сыном Василия Иваном IV и перешел на литовскую сторону, назвал Софью «греческой колдуньей» и сожалел о ее дурном влиянии на Ивана III. Курбский также обвинял ее в отравлении своего неродного сына Ивана Молодого (который умер в 1490 г.).34
Под влиянием критиков Софьи в XVI в., равно как и на иных основаниях, большинство историков XVIII и XIX вв. приписывали Софье особо важную роль в период правления Ивана III. Утверждалось, что благодаря браку с Софьей Иван получил право на трон Византии (Ф.Й. Успенский); что одним из следствий брака было создание теории о Москве как «Третьем Риме» (Перлинг); что вслед за бракосочетанием византийский дворцовый этикет был введен в Москве (князь Щербатов, Карамзин, Бестужев-Рюмин, Иконников); что как присоединение Новгорода, так и «низвержение монгольского ига» были результатом советов Софьи (князь Щербатов, Карамзин, Терновский, Перлинг). С другой стороны, С.М. Соловьев, отмечая степень влияния Софьи на Ивана, указывал, что многие из деяний Ивана традиционно следовали московской политике. Таким же было и мнение Ключевского. В 1901 г. роль Софьи в московской политике была тщательно пересмотрена В.И. Саввой, который пришел к заключению, что утверждаемое влияние Софьи на мужа и политику было слишком преувеличено историками. Недавно К.В. Базилевич выразил то же мнение.