Назначения королем высших должностных лиц западнорусской православной церкви – митрополитов – вряд ли оказались более благотворными. Из пяти митрополитов в период между 1534 1585 гг. один был обязан королеве Боне и получил свою епархию, благодаря ее вмешательству; другой был почти неграмотным; еще один был двоеженцем. Во многих случаях митрополиты ссорились с епископами, и обе стороны, жалуясь королю, давали ему повод вмешиваться в дела церкви. Из всех митрополитов этого периода лишь один был хорошим администратором и достаточно умело обеспечивал материальные потребности церкви. Никому из них не удалось стать духовным лидером верующих.551
Однако загнивание западнорусской православной иерархии не означало, что умирала сама западнорусская церковь. Среди приходских священников, монахов и прихожан были добросовестные христиане и честные люди. Количество членов общины постоянно росло, а процентное отношение приходов к количеству верующих, особенно в сельских районах, было выше, чем в Восточной Руси в этот период. Михаил Грушевский составил длинный список монастырей, основанных в Галиции, Волыни и в районе Киева в XV и XVI веках.552 Количество приходских церквей в 1560-х гг., сосчитанное на основании списков налогообложения, в сельских районах Галиции составляло 1270, и они обслуживали 2491 деревню, и 190 – в 125 городах.553 Данные по Волыни и району Киева неполные.
Поскольку в церковной иерархии царила полная неразбериха, православие в Западной Руси поддерживалось преимущественно мирянами, стремившимися защитить свою веру и просвещение. Активными поборниками православия были некоторые вельможи, такие, например, как князья Острожские и Ходкевичи, а также объединения горожан, известные как братства.
Вполне вероятно, что усилия католиков подчинить западнорусскую церковь папе привели бы к навязыванию церковной унии гораздо раньше, чем это случилось на самом деле, если бы не произошло так, что в середине XVI века власть католической церкви над Польшей и Литвой из-за быстрого распространения протестантизма на некоторое время была ослаблена.
Еще до Реформации, начатой Лютером в Германии, предреформационные протестантские течения проникли в Польшу и Литву из Богемии через гуситское и постгуситское движения, особенно через евангелическую общину, известную как «чешские братья» (или «богемские братья»), основанную Петром Хелчицким в 1467 г. Первое время их влияние было слабым, но к 1560 г. эти братсва стали очень сильны.554
Вскоре после возникновения этого движения в Германии идеи немецкой Реформации проникли в Польшу и Литву. Многие польские и литовские дворяне посылали своих сыновей в немецкие школы и университеты для получения образования, и некоторые студиозусы жадно внимали новым веяниям. Важным политическим фактом, который помог распространению протестантизма в Польше и Литве, явилась секуляризация Тевтонского ордена в Пруссии (1525 г.), а затем и его «филиала» в Ливонии. Когда прежний великий магистр Альбрехт отказался подчиняться папе и стал светским герцогом Пруссии, он также стал вассалом польского короля. После 1550 г. литовские вельможи увлеклись кальвинизмом, и арианство (антитринитарии, унитарии) нашло много последователей.