При таком положении дел патриарх константинопольский нашел необходимым лично проинспектировать западнорусскую церковь (которая, о чем следует вспомнить, была митрополией константинопольского патриаршества) и исправить наиболее явные дефекты в ее организации.
В 1588 г. патриарх Иеремия II решил посетить Западную Русь и Москву. Московская церковь, как мы знаем, стала автокефальной в 1448 г. и канонически более не была подчинена патриарху константинопольскому. Однако патриарх константинопольский и три других восточных патриарха почитались в Москве, как высшие прелаты православной церкви. Мотивов, побудивших Иеремию посетить Москву, были много. Наряду со всем прочим, он ожидал получить в Москве большие пожертвования от царя и русской церкви на нужды константинопольского престола, который находился в то время в плачевном состоянии.583
Иеремия достиг польской границы в мае 1588 г. Он был принят в Польше с почтением, соответствующим его должности. По совету канцлера Яна Замойского король Сигизмунд III выдал Иеремии грамоту, позволяющую ему путешествовать по Польше и Литве (следует заметить, что Замойский, как и многие поляки в то время, выступал против иезуитов, чью деятельность он считал вредоносной для католицизма и Польши). 3 июня патриарх Иеремия прибыл в Вильно, где был торжественно встречен православной паствой. Иеремия благословил недавно созданное православное братство в Вильно, а затем проследовал в Смоленск, откуда направился в Москву.584
Иеремия возвратился в Литву в июле 1589 г. К этому времени многие священники и все западнорусские прелаты во главе с митрополитом Онисифором собрались в Вильно. Патриарх обсуждал с духовенством беспорядки в западнорусской церкви. Узнав, что некоторые священнослужители являются двоеженцами, он издал приказ лишить всех виновных духовного сана. По этой причине он отлучил от церкви самого митрополита Онисифора (21 июля 1589 г.).
Шесть дней спустя король Сигизмунд назначил новым митрополитом Михаила Рогозу, монаха дворянского происхождения. Патриарх посвятил его в духовный сан, хотя у него были сомнения по поводу соответствия его этой должности.585 Из Вильно Иеремия направился в Брест, где назначил своим экзархом в Западной Руси епископа Кирилла Терлецкого из Лунка.586 Этим патриарх, по всей видимости, показал, что он хочет следить за митрополитом Михаилом. Последний, что вполне понятно, возмутился поступком Иеремии. На обратном пути домой патриарх остановился в Тернополе, куда, чтобы проститься с ним и получить его благословение, прибыли митрополит и пятеро епископов. В Тернополе патриарх утвердил привилегии львовского братства и провозгласил, что оно освобождается от власти львовского епископа Гедеона Балабана и получает право назначать и освобождать от должности священников Успенской церкви во Львове, над которой у братства было право патронажа (13 ноября 1589 г.).