Накануне открытия собора экзархи восточных патриархов и князь Острожский послали свои приветствия митрополиту Михаилу Рогозе с просьбой о совместной встрече для определения вопросов, которые будут обсуждаться. Митрополит не дал определенного ответа, но 6 октября созвал всех униатских делегатов в брестский кафедральный собор на молитву, зарегистрировав этот акт через государственного нотариуса Бреста, как официальное открытие собора.
Православные не были приглашены в собор, более того, по приказу епископа Ипатия Поцея все русские церкви в Бресте на время собора были закрыты. Православные собрались в частном доме, принадлежавшем боярину Райскому, где был большой зал, который служил протестантской молитвенной часовней. Здесь православные провели весь день в неизвестности, ожидая ответа от митрополита Михаила. Поскольку никто не пришел, православные решили провести свой собственный собор, разделившись на два «кола» – один из священников и другой из мирян.
Таким образом вместо единого церковного собора в Бресте было организовано два – униатский и православный каждый из которых собирался порознь. 8 октября православный собор заявил о том, что вопрос об унии с Римом не может быть решен одной только западнорусской церковью, а лишь по соглашению с восточными патриархами и со всеми православными церквями. При таком положении дел Петр Скарга прислал православным требование королевских представителей направить на униатский собор депутатов, чтобы выслушать королевские приказы, и добился приватной беседы с князем Константином Острожским. Хотя последнего и не убедили доводы Скарги, православный собор согласился послать своих делегатов к представителям короля. Князь Острожский был членом этой делегации. Королевские посланники пытались убедить делегатов принять унию, но они согласись лишь передать дело на рассмотрение православного собора. Остожский вновь повторил королевским посланникам, что вопрос об унии может быть решен только всей православной церковью.
9 октября униатский собор торжественно провозгласил унию западнорусской церкви с Римом и отлучил от церкви епископа Гедеона Балабана и всех православных монахов и священников, которые отказались принять ее. В тот же день на заседании прав славного собора экзарх патриарха Никифор лишил униатского митрополита и епископов их сана и права проводить церковные службы. Затем православный собор объявил о своем отказе принять унию.
Оба собора обратились с петициями к королю, и каждый просил его утвердить соответствующие решения. Конечно же, король определил свою позицию уже давно: он утвердил права и привилегии униатской церкви, как единственно законной церкви русского населения Польши и Литвы.