Униаты обвинили Никифора в том, что тот является турецким шпионом. Он предстал перед судом, но был оправдан. Несмотря на это, он по приказу короля был заключен в Мариенбургекий замок, где, как об этом было доложено, в скором времени умер от голода.
Как единственно законная утвержденная западнорусская церковь, униатская церковь теперь стала требовать все церковные здания и земельные угодья православной церкви. Униатам удалось завладеть многими православными монастырями. Натиск униатов усилился в 1599 г., когда первый униатский митрополит Михаил Рогоза умер, и на его место пришел Ипатий Поцей. Православные были хоть как-то защищены только в тех городах и районах, которые находились под властью князя Константина Острожского и других – теперь уже немногочисленных – православных вельмож. В 1599 г. православные заключили соглашение с протестантами о совместной защите прав религиозных инакомыслящих.601
После принятия Брестской унии многие западнорусские дворяне либо присоединились к униатской церкви, либо раз и навсегда были обращены в католицизм. Однако среди городского населения, особенно среди крестьян, долгое время продолжалось упорное сопротивление унии.
На протяжении всего XVII века большинство украинских крестьян сохраняло свою традиционную веру, и давление униатов вызывало их сильное возмущение. Таким образом, организация униатской церкви не привела к принятию украинскими крестьянами польского режима. Введение унии фактически разделило западнорусскую церковь на две части: на униатскую церковь и православную церковь. Уния сеяла раздор и этим порождала раздражение. Она придала религиозный характер социальным разногласиям крестьян и казаков. Казаки вскоре стали поборниками православия.