До 1448 г. московские политические и церковные дела были в беспорядочном состоянии, и власть Евфимия над новгородской церковью была практически беспредельной. Новый митрополит Иона вначале был неуверен в своей собственной власти (будучи непризнанным патриархом константинопольским) и потому не предпринимал решительных попыток ограничения прав внутри церкви. Он обратился с двумя посланиями к Новгороду – одним к архиепископу Евфимию и другим к новгородцам в целом, увещевая их воздержаться от распространенного обычая кулачных боев, которые часто заканчивались кровопролитием и убийствами. Послания Ионы были выдержаны в форме совета, а не повелительного приказа.40 В целом же период пребывания Евфимия II в сане был отмечен быстрым ростом духа свободы и самостоятельности как в новгородской церкви, так и в новгородском обществе. Наследник Евфимия архиепископ Иона (умер в 1470 г.) следовал этой традиции.
Среди литературных произведений, поддержанных Евфимием, был цикл повествований, основанных на жизни и деяниях двух дальних предшественников Евфимия – архиепископа Ивана (Иоанн, около 1170 г.) и архиепископа Моисея (1325-1329 и 1352-1359 гг.). Их целью было прославление новгородских святых и таким образом увеличение влияния новгородской церкви. Во времена Ивана, гласила одна из историй, суздальские армии, ведомые многими князьями под командованием Андрея Боголюбского, напали на Новгород. По совету Ивана, новгородцы взяли почитаемую икону Богоматери из храма, которому она принадлежала, и поместили ее на стене напротив врагов, надеясь, что последние воздержатся от нападения. Суздальцы, однако, продолжали посылать стрелы, и несколько попало в икону. Из глаз Богоматери, по преданию, покатились слезы. Суздальцы были поражены слепотой и бежали от Новгорода. Мотив этого повествования был использован в композиции иконы Знамения Богородицы конца XV в.41 Автор повествования с горечью жаловался, что объединенные силы князей, напав на Новгород, предали поруганию единство русских людей и христианскую веру.42
Идея единства русских людей легла в основу новгородской исторической литературы XV в. При Евфимий (около 1446 г.) была предпринята попытка написания на основе более ранних русских летописей (как новгородских, так и иных) целостной истории России. В наши дни это произведение известно как «Новгородско-софийский свод».43 Новой чертой его является включение исторических, географических и юридических примечаний, среди которых и «Список русских городов», упомянутый выше. «Свод» не был сохранен как целое, но части его остались в некоторых новгородских летописях меньшего размаха – в четвертой новгородской летописи и первой софийской летописи. «Перечень», равно как и свидетельства аналогичного характера, были также включены в вариант первой новгородской летописи,