Иван III, напротив, пока было возможно избегал применения крутых мер против еретиков.
Судя по всему, архиепископ Геннадий Новгородский узнал о существовании этой ереси в конце 70-х гг. XV века.233 Однако только в 1487 г., собрав больше информации, он взял под стражу двух священников и двух дьяков, обвинив их в богохульстве. Всех четверых он отправил в Москву, прося великого князя и митрополита наказать их. В Москве трое обвиняемых были признаны виновными в хулении святых икон, а один оправдан. В целом вопрос о ереси не поднимался. В 1488 г. троих (двух священников и одного дьяка) наказали кнутом, а затем всех четверых отослали обратно в Новгород. Геннадий получил указание провести дальнейшее расследование, но в то же время ему запретили применять к подозреваемым пытки или делать ложные обвинения. О расследовании по распространению ереси в Москве приказа не поступало. 26 сентября 1490 г. в сан митрополита московского был посвящен монах Зосима, подозреваемый в тайном сочувствии ереси. С другой стороны, под давлением архиепископа Геннадия и других консервативных священников, требовавших жестоких мер, в Москве был созван собор (церковный совет) для обсуждения мер по прекращению дальнейшего распространения ереси.
Собор допросил еще нескольких новгородских священников и дьяков, обвиненных архиепископом Геннадием во время следствия. Сам Иван III не стал участвовать в заседаниях и представлять великокняжескую власть послал трех бояр (включая князя Патрикеева) и одного дьяка. Всех обвиняемых признали виновными, и священников лишили сана. Всех приговорили к телесным наказаниям, и для исполнения приговора отправили обратно в Новгород. В самой Москве в это время никто из приверженцев этого течения не был ни схвачен, ни допрошен.
Геннадий и его последователи не удовлетворились такими половинчатыми мерами и организовали травлю митрополита Зосимы, обвинив его не только в еретических взглядах, но и в пьянстве. В 1494 г. Иван III позволил Зосиме тихо оставить пост, а затем, как уже говорилось, назначил его преемником Симона. Симон был убежденным православным, однако человеком робким, готовым подчиняться приказам Ивана III. Все понимали, что в основе своей терпимое отношение к ереси не изменится, пока у власти будет находиться Иван III.
5. Политический и династический кризис, 1497-99 гг.
В продолжение большей части правления Ивана III работа московского правительства шла гладко, без каких-либо резких противоречий внутри правящей группы. В 90-х гг. XV века ситуация изменилась. Религиозные разногласия смущали весь народ и вызывали горькое чувство. Расправа в 1491 г. с братом Ивана Андреем Большим и его смерть в тюрьме в 1493 г. сделали того мучеником в глазах многочисленных сторонников прав удельных князей, особенно их бывших слуг. Что касается внешней политики, то основная часть нации всем сердцем поддерживала Ивана III в его борьбе против татар, германцев и шведов, однако подобного единства не было относительно его конфликта с Литвой. Все это создавало благоприятную психологическую почву для роста оппозиции. Эта оппозиция не объединилась бы и не составила серьезной угрозы Ивану III и его правительству, если бы само это правительство в тот момент не было поражено дворцовыми интригами, в результате которых даже Иван III в конце концов вышел из себя.