Можно быть уверенным, что князя Ивана Патрикеева сочли одним из таких людей.
Византийцы являлись непревзойденными мастерами дворцовых интриг, и, судя по всему, это искусство было у Софьи в крови. Можно предположить, что сначала она не пыталась сама доказывать что-либо Ивану III, а подослала какое-то третье лицо, скорее всего не участвовавшее в конфликте, постепенно подрывать доверие Ивана III к князю Патрикееву. Так случилось, что именно в это время между Иваном III и князем Патрикеевым возникли разногласия по поводу русской внешней политики. Как мы знаем, после подчинения Казанского ханства в 1487 г., Иван III поставил своей следующей целью присоединение Западнорусских земель. Это предполагало конфликт с Великим княжеством Литовским. Брак дочери Ивана Елены с Александром Литовским (в 1495 году) со стороны Ивана был дипломатическим шагом, направленным исключительно на укрепление в Литве Русской православной партии. Напротив, князь Иван Патрикеев и некоторые другие знатные бояре, такие как князь Семен Иванович Ряполовский и князь Василий Васильевич Ромодановский, выступали за сближение с Великим княжеством Литовским. Они надеялись, что брак Елены с Александром сможет укрепить дружбу двух стран, которым вместе будет легче сражаться с татарами и турками.246
По-видимому, Патрикеев и Ряполовский, которым часто доверялись переговоры с Литвой, чтобы избежать войны, не всегда точно следовали наставлениям Ивана III и придерживались собственной линии. Когда Иван III обнаружил это, то счел их поведение «предательством» (выражение использовано в Устюжской летописи).247 Развязка наступила, когда в январе 1499 г. Иван III приказал взять под стражу князя Ивана Патрикеева, его сына Василия и князя Семена Ряполовского. 5 февраля Ряполовского казнили. Обоих Патрикеевых постригли в монахи. В апреле был схвачен князь Василий Ромодановский.248
Все приказы по этому делу Иван III отдавал лично, без всякого согласования с боярской думой (главой которой являлся князь Патрикеев). Таким образом, в отличие от казней 1497 г. убийство князя Ряполовского являлось властным актом, противоречившим духу Судебника. Вскоре назначили нового главу думы – князя Василия Даниловича Холмского (из тверской ветви Рюриковичей). Год спустя (13 февраля 1500 г.) Иван III отдал Холмскому в жены свою дочь Феодосию (родилась в 1485 г.). Следует отметить, что отец Василия Холмского, князь Данила Дмитриевич Холмский, прославил себя как полководец в войнах с казанскими татарами и ливонцами, но несмотря на это в 1474 г. попал в опалу. Иван III вернул князю Даниле свое расположение только после того, как тот подписал специальное обязательство никогда не покидать московской службы. Князь Данила скончался в 1493 г. Его сын Василий (новый глава думы) тоже был выдающимся военачальником.