Вскоре после ареста Ряполовского и Патрикеевых Иван III вернул ко двору Софью и Василия, а 21 марта. Василия объявили великим князем новгородским и псковским.
Некоторое время спустя Софья снова начала писать дочери, Елене Литовской. Однако дух ее писем сильно изменился. Раньше это были интимные письма матери к дочери; теперь послания Софьи имели религиозный и политический тон. Она призывает Елену твердо держаться своей православной веры. «Не принимай римской веры, даже если они будут запугивать тебя болью и смертью, иначе погибнет душа твоя» (30 мая 1499 г.).249 Очевидно, что в своих письмах к Елене того периода Софья следовала официальной линии внешней политики Ивана III.
При своей коронации в 1498 г. Дмитрий получил титул Великого князя Всея Руси. Точнее, Иван III «благословил внука Великим княжением Владимирским, Московским и Новгородским». Теперь, когда после коронации прошло чуть больше года, Иван III объявил Василия Великим князем Новгородским (и Псковским), таким образом нарушая единство «Всея Руси» и лишая Дмитрия одного из великих княжеств. По всей видимости, этот поступок Ивана III одобрила боярская дума во главе со своим новым председателем. В любом случае свидетельств о противодействиях нет. С другой стороны, яростный протест против нового титула Василия пришел от тех, кого он непосредственно касался. Новгород теперь являлся провинцией Московии и политического голоса не имел. Однако Псков еще оставался свободным городом, хотя и под сюзеренитетом Ивана III. Иван отправил в Псков посла со следующим извещением: «Я, Великий князь Иван, благоволю моему сыну Василию и жалую ему Новгород и Псков». Псковское вече отказалось признать Василия и послало в Москву делегацию из трех руководителей города и трех бояр с просьбой к великим князьям Ивану и Дмитрию не нарушать древней традиции, по которой сюзереном Пскова является великий князь московский (и Иван III и Дмитрий были великими князьями московскими, а Василий нет).
Когда псковская делегация вручила Ивану III петицию, он рассердился и ответствовал: «Не свободен ли я заботиться о своем внуке и моих сыновьях? Я дарую княжескую власть, кому желаю; и я желаю даровать Новгород и Псков Василию». Он взял под стражу двух членов псковской делегации, хотя другим позволил вернуться в Псков. Псковичи тогда послали другую делегацию с новой петицией, адресованной «Ивану, Великому князю Новгородскому и Псковскому». Иван III повелел делегации возвращаться обратно и пообещал прислать в Псков специального посла со своим ответом. Этот посол, боярин Иван Хоботов, прибыл в Псков и объявил на вече, что великий князь будет соблюдать древнюю традицию относительно Пскова. Текст послания, привезенного Хоботовым, в Псковской летописи не приводится. По всей вероятности, Иван объяснил псковичам, что он остается их сюзереном, а титул Василия только номинальный. Следующая псковская делегация в Москву просила великих князей Ивана и Василия освободить из тюрьмы двух членов первой делегации (до тех пор удерживаемых в Москве). Это было сделано немедленно,